无创DNA检查和唐氏筛查相比，无创优势比较明显。检查的结果更准确。无创检查准确性可以达到90%以上，大大降低唐氏筛查假阳性和漏检带来的风险。而唐氏筛查的准确性只有60%。
无创DNA检查准确性高，所以DNA检查会更好。唐筛检查是通过检测孕妇血液中的甲型胎儿蛋白(AFP)和人绒毛膜性腺激素(β-HCG)的浓度，并结合年龄、孕周、药物等因素的影响，评估生育唐氏症患儿的风险性，所以干扰因素比较多，准确性相对低。无创DNA是检测孕妇血液中的胎儿游离的DNA片段，准确性比较高，只是检测费用相对较高。
无创和唐氏筛查无创的检查准确一些的，唐氏筛查和非侵入性DNA检测都适用于胎儿染色体。它们用于染色体16和21.唐氏筛查通常在怀孕16到18周之间进行。如果唐氏筛查是低风险的，通常可以排除染色体异常。如果唐氏筛查是高风险的，也需要进行无创DNA复查。相对无创DNA具有较高的准确性。无创DNA检测的成本相对较高。
无创产前基因检测检查和唐氏筛查，如果就单纯的对唐氏筛查结果的准确性来说，当然是无创产前基因检测的筛查结果更为准确。唐氏筛查是一种普遍使用的唐氏筛查方法，主要通过测定孕妇血液中的绒毛膜促性腺激素、甲型胎儿蛋白和游离雌三醇浓度，并结合孕妇的年龄、体重、身高、孕周因素等进行综合风险，判断胎儿患有唐氏综合症的分析。无创产前基因检测相对于唐氏筛查来说，检查结果更为准确可靠，检查的适应症也更广泛。
唐氏筛查现在并无无创之说，由于唐氏筛查自身并无外伤，故简单地称为无创唐筛，现在仅有无创DNA检查一种正规医学说法。
唐氏筛查多是指妇女妊娠四个月前后，用抽静脉血的方法进行筛查，此时是观察发生唐氏儿风险概率。若唐氏筛查存在高风险或临界风险时，为进一步证实胎儿健康，有必要考虑进行无创DNA检查或有创羊水穿刺。
唐氏筛查是通过采取母亲血液，初筛胎儿是否可能患有唐氏综合征等遗传性疾病，准确率低，存在假阳性的可能。而无创DNA是通过分离母亲血液中胎儿的染色体进行检查，是无创的，还能直接检查胎儿遗传物质是否存在异常，准确率高，可高达90%以上。
