细菌性龟头炎和真菌性龟头炎的区别主要是由于龟头炎的感染源不同。细菌性龟头炎指龟头感染了细菌引起的局部炎症，而真菌性龟头炎指龟头感染了真菌引起的炎症。对于细菌性龟头炎，要进行分泌物培养，明确哪种细菌后进行抗感染治疗。对于真菌性龟头炎，最常见的为念珠菌感染，需对局部的龟头进行清洁处理。
龟头炎，细菌感染通常以化脓、渗出为主，而真菌感染，以龟头潮红、搔痒、分泌物多，清洗时包皮垢明显增多为主。细菌性龟头炎，通常使用药物消毒，而真菌感染性龟头炎，使用外用药物消毒，并且性伴侣、脚癣都要进行治疗。
龟头炎肯定是必须区分为真菌性的与细菌性的，男性出现这类感染是获得性的或包皮过长等因素。男性感染应该是霉菌感染，细菌感染应该伴有尿路感染症状出现，平时注意个人卫生，勤换内裤。
细菌感染通常以化脓、渗出为主，而真菌感染，以龟头潮红、搔痒、分泌物多，清洗时包皮垢明显增多为主。细菌性龟头炎。保持局部清洁卫生，如有包皮过长可在感染控制后手术治疗。
真菌感染也就是白色念珠菌感染，一般是由于女性有白色念珠菌性阴道炎后，同房后感染了男性引起了龟头真菌感染，常出现了龟头的红肿、疼痛、白膜出现等，伴有瘙痒不适。如果出现了红色斑点可能是有龟头炎，但不一定是真菌感染引发的，需去医院的泌尿科就诊，来明确诊断，针对性的治疗。
细菌感染一般的抗生素物就有治疗作用，但真菌感染主要是使用的抗生素物过多，导致的细菌被杀死以后才导致真菌感染，一般的抗生素物对真菌没有什么效果，只有专用的抗真菌药物才能治疗真菌感染，这就是区别。
