益生菌的副作用有免疫缺陷的患者服用后益生菌会变成病菌。对于益生菌过敏的人服用后会产生过敏反应。肠道菌群失调严重的病人服用后会出现短期的腹痛腹泻状况。但益生菌对80%的人服用后都没有什么副作用，还会促进肠道的加速蠕动。
益生菌与酵素的区别在于益生菌适合消化道系统疾病、过敏性疾病的人群，酵素适用于过度肥胖、缓解衰老、排毒养颜的人群，益生菌是生活在人体肠道的一类微生物，它可以帮助人体与外来细菌抗衡，刺激肠道的免疫功能。
通常情况下，肠道功能紊乱吃益生菌的好处如下：
第一种，可以维持肠道的正常功能，可以维持肠胃中的正常菌群的生长，同时也可以阻止肠中的腐败物质的生成，从而保证肠道的正常运转。
第二个是提升身体的免疫力。益生菌对人体的免疫系统有一定的影响，从而引起人体的免疫功能。
第三个是降低胆固醇，它能抑制人体对胆固醇的吸收，从而达到减肥的效果。第四种，可以有效地控制癌细胞的生长，防止糖尿病的发生。
通常来说，没有什么益生菌可以治疗荨麻疹。具体分析如下：
荨麻疹属于皮肤过敏的一种，单纯应用益生菌并不能起到很好的效果。常用的益生菌有：妈咪爱、合生元，其主要成份为三联杆菌、乳酸菌。主要起到调节胃肠菌群失调、保持平衡、促进消化的作用。一般情况下，宝宝和肠胃功能差的人都会有一定的调理效果，同时还可以增强免疫力，对荨麻疹的治疗也有一定的帮助。
一般情况下，调节肠胃的益生菌的药有以下几种：
调节肠胃的益生菌的药有双歧杆菌活菌胶囊、枯草杆菌二联活菌颗粒等。建议患者在医生指导下使用以上益生菌，不可以私自使用，以免产生不良反应。除了益生菌外，如果肠胃不适，患者还可以遵医嘱使用阿莫西林颗粒、左氧氟沙星片等药物进行治疗，能够起到消炎的作用，从而调节肠胃。
肠道功能紊乱吃益生菌的好处有以下几点：
益生菌是一种对人类有益的微生物，具有良好的保健作用，可以促进人体的微生态系统的调节，增强机体的免疫力。服用益生菌可以在胃部的壁上起到保护作用，防止细菌进入，同时还可以调节肠胃的机能，缓解拉肚子、肚子疼、便秘等不适。在使用时，不宜将水温调高，否则会影响活性细菌的作用。
