肛门周围脓肿：主要因污染粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛门周围脓肿，是肛瘘形成的主要原因。直肠肛门损伤：外伤、来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛门周围脓肿。肛裂：肛裂反复感染，可引起皮下瘘，也可引起肛腺炎。
国内的主要治疗方法都还是通过手术来治疗，很少有利用激光治疗的。而且肛瘘的主要病症是由于肛门处长有脓，因此，手术的主要原理是将其割破，从而使其流出来治疗。如果想要利用激光来做治疗肛瘘的手术，先要去专业的医院咨询医生，看是否可以，然后谨遵医嘱，细心治疗，配合医生的建议，自己在生活中也要多加注意。
肛瘘手术住院天数主要跟肛瘘的复杂程度有关系，比如单纯肛瘘手术相对简单，损伤小创面小，恢复快一般住院时间5-7天。如果是复杂性肛瘘，手术相对较复杂，创面多，恢复时间较慢，一般需要住院两周到三周的时间。如果是高位复杂性高瘘，创面较大较深，肛门功能恢复较慢，一般住院时间需要1个月以上，具体根据病情来确定住院时间。
肛瘘是因为直肠间隙引起的感染，可发生于肛门周围细菌性感染或发复引起的。一般需要进行手术治疗，或选择药物预防发作。一般低位可以采取挂线治疗，高位肛瘘应该手术切除。平时注意伤口的卫生，多吃水果和蔬菜，不要吃辛辣刺激的食物，多吃可以促进胃肠蠕动的食物，预防便秘的发生。
轻微肛瘘临床表现是常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻，大部分病人可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。