检查肛瘘要用肛镜检查，直视下看到齿线全部，内口常在红肿发炎的肛瘘，有分泌物，对可疑的肛隐窝可用银质园头探针探入，还可以探针检查，先于肛门内插手指，用银质园头探针，由外口沿管道向肠腔方向轻轻探入，完全性肛瘘，肠腔内手指在齿线附近可摸到探针确定内口，探时切忌盲目用力，免成假道，使感染扩散。
肛瘘去医院手术治疗，恢复快，愈后不容易复发，手术后用淡盐水或者一些清洗剂清洗一周左右的时间。可以口服一些消炎药或者注射一些消炎针治疗，少吃辛辣刺激的食物，多吃一些新鲜的水果和蔬菜。
最有效的治疗方法是进行手术，具体的分型，对于单纯性的浅表性的肛瘘，可以行切除缝合，比较深的复杂性的肛瘘，需要进行挂线疗法，手术以后需要定期进行换药。严重时需要及时就医。
保守治疗是可以的，肛瘘的治疗原则：找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能，肛瘘是复杂的肛肠疾病，所以要去正规的肛肠医院治疗。
不要由于恐惧大便时疼痛而禁食或少食，只有正常饮食，才能保持大便正常，才能使肛门括约肌有效地收缩与扩张，防止肛门狭窄。忌食有刺激性的食品，如酒类，辣椒、大蒜等辛热之品。由于辛热之品易使肠胃产生湿热，浊气瘀血下注于肛门而复发。多食蔬菜水果，如苹果、香蕉、梨等。宜食蜂蜜，逐日清晨空腹服蜂蜜一杯，其有清热补中，润燥滑肠，为通调大便之佳品。