肛门会瘙痒剧烈。久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，也会影响到肛门的生理功能。
如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
肛周囊肿的在治疗上可以采取抽脓减压来帮助治疗，采取局部消毒，减轻脓腔张力，缓解疼痛，如果脓肿较为严重时，可以将囊肿切开，排出脓液，为进一步减少手术创伤，可采取双向等压引流手术治疗，术中采取半切割挂线。
肛周囊肿得去医院接受治疗，做手术。术后日常饮食中可多选用蔬菜、水果、豆类等含维生素和纤维素较多的饮食，少吃辛辣刺激性的食物，如辣椒、芥末、姜等，否则会加重病情。感染是引起肛周脓肿的主要原因。因肛裂、痔疮、肛窦炎、肛门周围皮肤毛囊汗腺炎及肛门周围皮肤病等感染，可形成肛门直肠周围脓肿。
肛周囊肿检查时可以触摸法，探针检查、注入染色剂介入法低位切开高位乳胶管引流法、尤其是高位复杂的。方法：在喇叭型肛门镜下在直肠内齿线上方塞3到4个干棉球，防止流入直肠腔烧妁肠黏膜。将针管接上一细塑料管插入肛篓外口，将外口用纱布适度压紧，从外口向管道内缓慢推注，在肛镜下可见白色泡沫从内口流出。
