手术治疗，如肛管损伤严重，若伤口深在，合并括约肌撕裂，可加做近端肠造口，不强求损伤彻底清创和一期修复。抗感染治疗，包括针对需氧菌及厌氧菌的抗生素、中药清热解毒、疏泻通宣，通便、热水坐浴、理疗等。
脓肿形成之前或早期，可采用抗感染治疗。脓肿形成时，即应手术引流。脓肿大且全身症状重者，除根据临床和药敏试验选择有效抗生素外，尚需辅以支持对症治疗。在脓肿切开引流时，若发现明确的内口，可同时行挂线术。
外敷药物，采用中西药物配制消炎止痛软膏，直接涂于裂口处，能减轻疼痛和缓解括约肌痉挛；手术治疗，肛管损伤严重，若伤口深在，合并括约肌撕裂，可加做近端肠造口，不强求损伤彻底清创和一期修复。
医治应采取以下方法。局部清创术：轻度肛管损伤，如肛管壁擦伤、轻度裂伤且污染较轻时，可局部行清创术。抗生素治疗：脓肿大且全身症状重者，根据临床和药敏试验选择有效抗生素治疗，且需辅以支持对症治疗。
治疗肛管损伤的费用得5千-1万元左右。治疗肛管损伤的费用一般都不是特别的明确，因为每个地区的收费水平都是不一样的，医疗条件有很大的差异性，具体收费要依当地医院为准。
常见医治的方法有以下两种。药物治疗：肛管损伤有较大的感染风险，可适当使用抗生素等进行抗感染治疗。挂线术治疗：在脓肿切开引流时，若发现明确的内口，可行挂线术进行治疗。