支气管镜检查的副作用，最常见的有出血、气胸、发热、喉痉挛、麻醉药品反应等。而术后发热是最常见的，发病率约占6%左右，可以继发肺部细菌感染、菌血症，甚至致使败血症偶有发生。操作中最常见的是喉部痉挛，是麻醉药品所致的严重并发症，常在支气管哮喘或慢性阻塞性肺部疾病患者插进时发生。严重时可能会抽搐，呼吸抑制，甚至心脏骤停。
支气管镜检查后会咯血，若量较少，多数属于正常现象。主要由于在进行支气管镜检查过程中，会引起鼻腔、支气管黏膜损伤，出现少量咯血。再者，在此项检查过程中，若有异物存在，活检时也会出现支气管咯血。需要注意的是，若咯血量在可控范围内，不用特殊处理；但是若咯血量较大时，则要引起高度重视，要及时查找原因进行处理，避免出现窒息，危及患者生命。
检查术后注意休息，要严格卧床休息，免剧烈活动，支气管镜检查以后，防止麻药并发症，包括出现误吸或呛咳等症状，应两小时内禁止进食，要求采取患侧卧位。少数在术后会出现咯血，如果咯血量多，会进入正常支气管，出现窒息风险，所以术后要求取患侧卧位。
支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。
通过支气管镜检查，可以有以下作用，不明原因之咳血，不明原因声音沙哑者，不明原因横膈上升者。肺癌诊断及分期的依据，利用支气管镜做切片以得到组织诊断。良性支气管病变之诊断。诊断弥漫性肺部疾病。
支气管镜检查时间与检查医生以及患者本身需要进行的检查项目有关。如果仅进行一般检查，检查气道内的问题，如咳嗽查因，则可能很快就可以检查完毕，一般5分钟以内。这不包括术前麻醉过程。如果患者需要做活检、灌洗，可能时间会相对延长，约15-20分钟左右。如果患者病情更复杂，可能是气道狭窄，需放支架，则需要0.5-1个小时左右。具体检查时间需要根据实际情况而定。