可能与孩子呼吸道病毒或细菌感染有关系，导致感冒或支气管炎的发生。也可能鼻炎所致，是需要进行积极的治疗的。可带孩子到医院儿科就诊，进一步检查明确病因及病变程度，然后采取合理的治疗方法。
一般情况下，儿童早晨咳嗽可能是支气管发炎造成的，具体内容如下：
如果儿童存在支气管发炎的情况，可能会导致儿童的呼吸道中大量的痰，而夜间睡觉时，儿童通常采取仰卧的姿态，这样不仅不能排出痰，还会导致支气管里积累了很多的痰液。儿童早晨起后，痰液会在引力的影响下慢慢聚集，从而引起咳嗽。但是，因儿童夜间喝水较少，所以清晨咳嗽时痰多且粘腻，难以咯出，常以顿咳为主。
需要排除过敏性咳嗽，过敏性咳嗽又称咳嗽变异性哮喘，是哮喘的一种特殊表现，主要为咳嗽持续或反复发作超过一个月，常伴夜间或清晨发作性咳嗽，痰少，运动后加重，临床无感染表现，或经较长时间抗生素治疗无效，治疗可使咳嗽发作缓解，往往有个人或家族过敏症。
考虑是支气管感染或者肺炎。轻微的感染可以服用消炎药治疗。严重时建议静脉输液治疗。咳嗽是呼吸系统疾病的主要症状，如咳嗽无痰或痰量很少为干咳，多见于急性咽喉炎、支气管炎的初期。
宝宝早上起来咳嗽很有可能是由于支气管发炎导致气管内痰液过多引起的。宝宝晚间睡眠如果采取平卧姿势，不利于痰液排出，容易使大量的痰液积蓄在支气管内。当患儿晨起活动后，会使痰液由于重力作用而逐渐积聚在一起，刺激呼吸道粘膜上的纤毛向上运动并发生咳嗽。
早上起来咳嗽，可能是屋里的温度偏高了，屋里晚上睡觉的温度偏高了，湿度不够，有的孩子用嘴呼吸，嗓子特别干，起来就会咳嗽。也有可能是咽炎或者气管炎，需要检查治疗。