肺炎支原体长期不治疗，很有可能会导致持续性的发烧，患者的体温可能一直处于38度左右，严重时甚至会达到40度，出现畏寒，头晕，头痛等多种不良反应。患者还会出现反复性咳嗽，呈现日轻夜重的特点，影响晚上的睡眠质量，严重的情况下甚至还会咳血。支原体肺炎还会对皮肤产生较大的损伤，多个部位皮肤长出红色斑丘疹，有瘙痒和疼痛的反应。
支原体长期不治的后果会出现盆腔炎，宫颈炎，阴道炎，外阴炎等的表现，但是如果身体没有症状，也是不用过于担心的，一旦出现炎症要尽早地治疗，会导致局部的抗病能力下降，而且引起的疾病也可能会出现病变的可能，需要病人尽早地治疗。
原体可存在于大部分人的泌尿生殖道中在机体抵抗力下降时可导致泌尿生殖系统感染。很多人没有症状，在检查时才发现，很多携带解脲支原体没有症状的女性也可正常怀孕和分娩。对于解脲支原体阳性并伴有感染症状的患者需要及时治疗。
室上速表现为突然心跳加速，心率常在150-250次每分钟，可有心慌胸闷气短等症，可自行好转或者刺激迷走神经终止发作，需要就诊心内科检查治疗，明确诊断，可以进行射频消融治疗。
解脲支原体阳性长期不治会引起病情加重。首先是有急性的炎症变成慢性的炎症，长期慢性的尿道炎症造成尿道狭窄，引起排尿费力，同时还有可能引起前列腺炎症，以及睾丸附睾的炎症，久而久之，会影响到精液的活力和精液质量。
如果长期得不到有效地纠正和治疗，盂唇损伤和关节软骨损伤会持续加重，有可能在40岁或者是到50岁的年龄段逐渐出现关节的退变和老化，也就是医学上常诊断的髋关节关节炎。
