一般来说，灌肠治疗的方法主要适用于长期便秘的患者，其他患者一般不建议使用。
长期便秘体内的毒素不能及时排除，时间久了容易引发衰老、雀斑、痤疮等疾病。另外，长期便秘会引起肛裂、痔疮等疾病，甚至直肠癌、结肠癌等疾病，所以灌肠治疗可以预防上述疾病。一般灌肠药物主要是用一些生理盐水或者一些清热燥湿止泻的中药，效果很好。
中医灌肠是一种较好的治疗方式，它起效迅速、效果好，而且在一定范围内使用药物的浓度较高，特别适用于局部的肠道炎症，对肺炎、高热、感冒等疾病都有较好的疗效。中草药灌肠的时间与病情、发病时间等有关，如果出现了发热的症状，一至三日即可恢复正常，至于慢性结肠炎等，则需要一段时间的治疗，通常要持续二至四个星期。
中药灌肠通常能治疗肛肠疾病及部分呼吸道疾病，具体分析如下：
中药灌肠对于结肠炎、直肠炎、痔疮、肛裂等病症，都有一定的治疗效果。中医灌肠是一种有效、快速、无不良反应的方法，这种治疗方式可以直接作用于患者的伤口，并且是完全的绿色治疗。另外，对于上呼吸道感染、肺炎、肠系膜淋巴结发炎、小儿发烧等，中医也可以进行中医灌肠。中医灌肠是一种无需全身用药，并且具有良好的消化作用，是一种很有价值的治疗方式。
一般灌肠治疗是把液体和药物通过肛门注入肠管来达到清洁和治疗目的。如果孩子不配合，灌肠的好处能够避免打针吃药能起到药物退烧和治疗作用，但是坏处是灌肠时不小心可能导致肠穿孔和出血等肠壁受伤，因为小孩的肠壁比较薄。
坏处是有可能杀死肠道内本身就存在的有益菌群，造成体内的菌群失调导致继发性的感染而出现腹泻。好处包括可以避免了孩子口服药物困难，避免了药物对孩子胃部的刺激，防止有些药物经过胃部时被胃酸所破坏和分解等。
好处能够在短时间内将粪便排除干净，是一种比较好的通便方法，短时并间断进行灌肠，对身体健康影响不大，副作用也少，坏处直肠粘膜的褶皱较少且无绒毛，液体容量和吸收面积都比较小，因此对药物的吸收比较缓慢，药量能够进入血液循环的也是十分有限的。
