这两种药物可以同时服用，附子理中丸是健脾加温阳的，适合怕冷和便溏，人参健脾丸是益气健脾，开胃消食的，适合易疲倦，如果这两种中成药服用一两个星期之后效果不理想，也可以开方子吃汤药治疗。
附子理中丸可用于脾胃虚寒，脘腹冷痛，呕吐泄泻，手足不温。用于治疗胃、十二指肠溃疡，脾胃虚寒证、胃神经官能症，呕吐、腹泻、急性胃肠炎、肠炎、结肠炎、肠痈。吐血、便血、子宫功能性出血、过敏性紫癜，风心病、肺心病、窦性心动过缓等。
附子理中丸是在理中丸基础上加附子，具有温中健脾、加强温通的功效，可用于寒凝、脾阳虚较明显、阳虚外寒、阳虚生内寒或兼有肾阳虚等，可治疗脘腹疼痛、纳呆呕吐、大便稀溏、四末不温等症状，此外附子理中丸偏于温中而守，具有散寒的作用。
服用附子理中丸可能会出现大便增多的情况，也可能会出现食欲增加等脾胃功能改善的情况。另外服用附子理中丸期间出现尿多、屁多、汗多、咳嗽、便秘或腹泻呕吐皆是排寒反应。
两者的区别在于，药物的成分不同，另外治疗适应症上有所不同，前者有安神功效，药性较强，阴虚体质的人会上虚火，而后者有利湿，以补脾气为主，药性平和，治疗脾虚湿盛证。
服用附子理中丸可能会出现大便增多的情况，也可能会出现食欲增加等脾胃功能改善的情况。另外服用附子理中丸期间出现尿多、屁多、汗多、咳嗽、便秘或腹泻呕吐皆是排寒反应。