可以通过药物、手术等方式治疗甲亢突眼症。
对于突眼的药物治疗，可以选择强的松等皮质激素，但作用缓慢，病程长，副作用也多。还有一些其它的免疫抑制剂，比如环磷酰氨，也可以起到一定的效果，不过副作用会比较大。除此之外，云克治疗也可以用来改善突眼的症状，但是效果并不是很好。对严重的突眼症可以通过外科手术来进行治疗，但其效果并不明确。对于突眼症较严重的患者，可以采取其它的治疗措施，以减轻眼窝内的压迫，并配合换血疗法。
中医治疗甲亢病通常是采用理气舒郁、化痰消炎等方法。
甲亢在中医学中属于“瘿症”的范畴。中医上一般分为肝郁气滞、肝郁化火、气滞痰凝、气阴两虚等类型。因此，需要进行辨证治疗。中医治疗甲亢讲究的是理气舒郁，化痰消炎，痰结血瘀的治疗以理气活血、化痰消炎为主，而肝火旺盛型则以清肝泻火为主，而心肝阴虚型则以滋阴养精，宁心柔肝为主。
用中医治疗甲亢可以通过药物治疗来改善。
中医理论上说，甲状腺功能亢进与肝郁气滞、气郁化火有关系，肝郁气滞、气郁化火，这就是因为肝郁气滞、气郁化火，火旺会消耗气阴，造成阴虚火旺、气阴两虚之证，并伴有血瘀痰浊。在甲亢前期，主要表现为痰气交阻、瘀而化火，临床上可用消肿散、平亢等药物配合使用。在中期，主要表现在痰、血、瘀、消痈散、血府逐瘀汤等方面。在治疗的过程中，如果患者的身体状况会有气阴两虚、肝血不足等情况，可以选择益气养阴、补虚。如果是桥本氏症，那么可以通过白芍、藤类药等药物来进行调理，因为病人自身的抗体比较高。
一般来说，妊娠甲亢可以服用少量的抗甲状腺药物，具体内容如下：
比较常用的是丙硫氧嘧啶，孕妇最好在医生的指导下服用药物，如果出现发痒、关节疼痛、腹泻等症状，需要及时去医院就诊。平时要保证足够的休息，多补充营养，尤其是应该多吃含钙量高的食物，比如乳制品、豆类、蛋类等。
注意阴部卫生，穿柔软、透气良好的内裤，并勤洗勤换，有助于防止感染。避免劳累，避免进行过多体力劳动。同时注意保暖，避免寒冷刺激。
昆布海藻饮：昆布、海藻、牡蛎用水煎汁。每日1次，连服数日，能疏肝清热，理气解郁。2、青柿子羹：蜂蜜适量。青柿子去柄洗净，捣烂并绞成汁，放锅中煎煮浓缩至粘稠，再加入蜂蜜1倍，继续煎至黏稠时，离火冷却、装瓶备用。每日2次，每次1汤匙，以沸水冲服，连服10天-15天。
