甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。
脑囊肿属于良性病变，这个一般是没有什么临床症状的。也不会对人的生命造成任何影响，蛛网膜囊肿主要是包裹性的脑脊液，较大的囊肿可能会因有一定的占位效应，引起头疼，头晕等情况，如果症状明显，严重影响生活，可以考虑手术治疗，手术主要是囊肿切除，或者是囊肿破坏，都会有不错的效果，脑囊肿是不会有生命危险的。
甲状腺双面叶出现囊肿，大部分是良性疾病。
结节性甲状腺肿导致部分分泌功能随着结节的增大，发生囊内出血，就会成为甲状腺两侧叶的囊肿。囊肿比较小，不用处理，定期观察即可。双侧叶形成大囊肿或囊室性肿瘤，如果出现压迫症状或有困难，应进行手术切除，必要时可穿刺吸囊液，减少症状。因此，出现双侧叶甲状腺囊肿的患者应到正规甲状腺外科或专科医生进行详细咨询和诊断，并选择适当的治疗方法，以消除或治疗甲状腺双侧叶的囊肿。
如果甲状腺良性囊肿是小鸡蛋大小，通常要手术。手术后要坚持吃药，甲状腺囊肿有良恶性之分，良性甲状腺囊肿都采用保守中医治疗，中医治疗也比较认同，只要及时去医院治疗，甲状腺囊肿是可以恢复的。
首先，甲状腺小囊肿不会自愈的，如果没有什么症状的，或是其囊肿比较小，可以不用治疗，可以先观察一下，若有什么病变，是可以通过一些药物来进行对病情，进行一些改善的。
卵巢囊肿分为生理性囊肿和病理性囊肿，通常为良性囊肿，几乎没有恶性病变。如果生理性囊肿在黄体囊肿中很常见，通常随着月经而变化，也就是说，可以发现在下次月经干净后逐渐减少甚至消失。病理囊肿不能消失。如果没有症状，不太直接的症状暂时不需要手术。定期的症状检查可以结合药物进行。如果囊肿逐渐增大，如果直径大于5厘米，月经和腹痛症状都会受到影响。有手术特征的，可以选择腹腔镜或开腹手术进行切除。
