甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。
甲状腺囊肿与甲状腺结节都是常见的疾病，两者之间的差别如下。甲状腺结节分为：甲状腺实性结节、囊性结节、甲状腺囊实性结节，而甲状腺囊性结节也被称作甲状腺囊肿，二者之间存在一定的联系。另外，甲状腺结节出现后，需要做B超的诊断，B超提示为恶性结节，可以进行细针穿刺活检，也可以做外科手术，如果是良性的，可以定期做B超，观察结节的情况。
甲状腺结节和囊肿是单纯性甲状腺肿不同的生理病理阶段。当环境当中缺碘或者饮食当中的碘摄入不足，会导致甲状腺滤泡的代偿的增生扩张，形成大小不一的结节，临床上称为结节性甲状腺肿，也叫做甲状腺结节；如果病情的继续发展，个别的结节由于血液供应不良，而发生囊性改变时，临床上表现为甲状腺囊肿。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。
甲状腺囊肿是囊性的，里面有积液。甲状腺结节是一个实性的结节。两者有本质的区别，甲状腺的囊肿，属于一类囊性结构，一般没有什么症状。而甲状腺结节。是一个很硬的硬结。会随吞咽运动，随时上下移动的。
