亚急性甲状腺炎治疗方法应结合患者的具体情况而定，并且患者病情存在个体化的状况，并非所有病人所呈现之症状均一致。
要选择合适的药物来进行辅助治疗，这样才能更好地提高疗效，减少不良反应的发生几率。许多病人就是反应不一样，例如，有些病人颈部疼痛非常明显，部分病人颈部疼痛较轻，但当颈部疼痛显著时或较轻颈部疼痛时均需优先选用非甾体抗炎药进行止疼、消炎治疗，只有当非甾体类抗炎药不能控制病人颈部疼痛的情况时，才能考虑适当增加激素治疗。
急性甲状腺炎可以通过药物、手术等方式进行治疗。
急性甲状腺炎的治疗原则是：抗感染和手术介入，在早期确诊后，首先要选择广谱抗生素进行经验治疗，等穿刺物病原体的培养有了效果，再进行抗生素的调整。一般来说，如果合并有一些基本的疾病或者先天性畸形，很难控制感染，需要在2-3个星期内使用抗生素，在脓肿形成后进行抗感染治疗，同时还要进行排脓。
一般情况下，亚急性甲状腺炎可以通过日常护理、使用药物等方式进行治疗，具体内容如下：
亚急性甲亢是一种自限性的病症，哈尊和平时注意保暖，避免感冒。少数病人出现了明显的临床表现、炎症面积比较大，如果出现了明显的症状，可以通过一些药物来进行治疗，以防止出现长期炎症。可以口服阿司匹林、布洛芬、吲哚美辛等非甾体抗炎药物。如果疼痛剧烈、高热不能减轻，或炎症范围扩大，可以服用糖皮质激素，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
亚急性甲状腺炎可能会影响怀孕。
亚急性甲状腺炎很可能影响妊娠，因此，想怀孕必须等亚急性甲状腺炎治好了。在妊娠期当中，对于一些没有症状或者是轻度的亚临床甲状腺炎患者，一般都不会对其身体造成明显的影响，因为病情相对较轻。还有少部分亚急性甲状腺炎，不能根治，就很可能留下永久性甲减，但若留下甲减，仅需补充甲状腺激素即可，使病人甲状腺功能在妊娠规定范围内，即可妊娠。
一般亚急性甲状腺炎不会影响生育。
亚急性甲亢，如果能彻底根治，就不会对生殖造成任何的伤害。在亚急性甲亢的时候，一定要避免妊娠和准备妊娠。亚急性甲状腺炎与病毒感染有一定的相关性。许多病人在患病前就有过上呼吸道的病史，表现为突发性的甲亢、发热、怕冷、畏寒等。如果是轻微的亚急性甲状腺炎，可以口服一些抗炎止痛的非甾体类的消炎止痛药，如果病情较重，可以口服糖皮质激素。糖皮质激素一般要在6-8个星期内停止服用或者减少剂量，避免出现亚急性甲状腺炎的复发。上述治疗方法只作为一个参考，需要在医师的建议下服用。
亚急性甲状腺炎可能引起病人突眼。
由于亚急性甲状腺炎最初，会有一种甲状腺功能亢进之类的症状，以及甲状腺功能亢进症，可使病人有一甲亢性突眼。对于一些良性或恶性的甲状腺结节而言，如果出现明显的肿大或者钙化等情况时，就应该及时就医诊治，否则可能会导致严重的后果。亚急性甲状腺炎引起患者甲亢突眼几率相对较小，主要病因亚急性甲状腺炎其为自愈性。一般认为，如果患者在没有发生甲亢之前，就已经存在着这种现象的话，那么这个亚急性甲状腺炎并不能引起患者产生突眼的问题。即多数亚急性甲状腺炎，无须采取任何医疗干预手段，还可以恢复正常，因此，亚急性甲状腺炎引起甲亢突眼可能性相对较小。一般情况下，亚急性甲状腺炎引起突眼，并没有明显的症状和体征，并且在短时间内就能消失，这一点对于医生来说很容易诊断出来。但并不代表亚急性甲状腺炎患者有甲亢症状，不发生突眼，因此还有部分病人可发生突眼。
