甲状腺囊肿大多不会自行治愈。
甲状腺囊肿的形成原因有多种，但最主要的原因与碘代谢有一定的关系。由于长期缺碘、甲状腺滤泡潴留，这种情况补碘可能消失。另一种是结节性甲状腺肿的囊性病变。形成的原因是甲状腺局部血供不足，囊肿逐渐形成囊壁，该囊肿完全消失的可能性降低，可行射频消融术或手术切除治疗。甲状腺囊肿大部分都是良性的，出现了甲状腺囊肿，应该要进行甲状腺功能的检查。
甲状腺囊肿微创消融术效果一般较好。
甲状腺囊肿微创消融可避免传统的手术创伤，穿刺针局部高温具有坏死病灶凝固性、彻底清除病灶的效果。手术小时短，疗效显著。甲状腺囊肿微创消融术的主要局限性是甲状腺恶性肿瘤患者只能采用微创消融术切除肿瘤病灶，不能清洁周围淋巴结。但是可能会发生并发症，如喉管神经损伤等，手术治疗结束后，出现声音嘶哑、喉上神经损伤，喝水可能出现呛咳。
甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
甲状腺囊肿是指甲状腺超声检查发现的一些团块，部分团块内由组织构成，部分团块内由液体构成，部分团块内由液体和组织构成。单纯由液体组成的称为甲状腺囊肿，甲状腺囊肿大部分是良性的，一般对机体无大危害。囊肿内发生疼痛时，可能发生急性出血，囊肿很可能发生压迫症状。
一般甲状腺囊肿多为良性，甲状腺结节实质组织恶性程度较高。观察甲状腺结节周围是否光滑，纵横比、内部是否钙化，也是决定甲状腺结节是良性还是恶性的基础。甲状腺囊肿可在无出血、无较大压迫症状的情况下观察，暂时无需特殊处理。
甲状腺囊肿可以保守治疗，不需要手术。由于甲状腺囊肿大多数情况下是良性的，在穿刺排除恶性病变的基础上，囊肿不必手术，可以保守治疗。适当的多吃一些海带，海菜，海鱼，螃蟹，海参，鲍鱼等含碘的食物。
甲状腺囊肿疑似良性时肿瘤较小，定期复查，每3-6个月复查彩色多普勒，复查甲状腺功能。瘤长2cm以上时，患者情绪高涨，手术欲望强烈时，可能为手术。手术的方法有常规切除，有的现在称为微创美容手术。是彩色超声引导下的微波消融治疗。因为这个没有手术的伤口，术后美容效果理想，也可以提供建议。如果怀疑有恶性可能性，建议进行术中冰冻检查。
