疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。
疱疹性咽峡炎和手足口病具有一定的关联性，因为这两种疾病都是以肠道病毒感染为主的一种传染性疾病，多见于小儿，发病率比较高的都是一些小儿童，它主要表现都是有口腔的疱疹，但是手足口病除了有口腔疱疹，它还容易合并手足或臀部的皮疹，另外两种疾病都有可能会表现有发热，然后拒乳、烦躁不安，或者是流涎，或者是饮食明显的变差的情况。
疱疹性咽峡炎与手足口病是有一定的区别，主要的原因区别就是，致病的病毒并不是同一种，疱疹性咽峡炎只是累及口腔黏膜，但是手足口病可以累及到手部以及足部，但是都是由于病毒感染导致的，治疗原则基本差不多。虽然疱疹性咽峡炎和手足口病有很大的区别，而且两者的症状严重程度也不是特别相同，但是都是要采取应用抗病毒的药物进行治疗。
疱疹性咽峡炎和手足口病主要区别在于临床表现不一样。疱疹性咽峡炎主要是肠道病毒感染，临床常表现为高热，口腔咽峡部出现很多疱疹，常伴随有剧烈的咽部疼痛，吞咽困难，进食比较困难，流口水也增多。而手足口病主要发生于夏季，也是由肠道病毒感染所导致，常表现为手、足、臀部等部位的皮疹。
支气管炎和扁桃体炎的区别在于支气管炎起源于肺部，而扁桃体炎起源于咽部，两者表现有所不同，支气管炎是由肺部气管和支气管炎的细菌或病毒感染引起的喉部、气管和支气管黏膜的急性弥漫性炎症。以咳嗽为主，其次是干咳、喘鸣、声音嘶哑和吸气性呼吸困难。扁桃体炎可分为急性扁桃体炎和慢性扁桃体炎。急性扁桃体炎多为腭扁桃体的急性非特异性炎症，常继发于上呼吸道感染常见的症状有发热、头痛、吞咽困难以及全身不适等。
支气管炎和扁桃体炎的区别有发病部位不同、临床表现不同等。如果人体的免疫力降低，那么扁桃体就会首先受到病毒和细菌的侵袭引起扁桃体炎。扁桃体炎如果不及时处理，很容易导致细菌、病毒等侵入支气管，从而导致支气管发炎。在日常生活中要多加注意，如果出现了扁桃体炎的情况，要及时进行相应的治疗，不能盲目地使用任何药物，也不能把它当成是一种疾病。