口腔溃疡根据病因不同，治疗方案也不同。如果溃疡由创伤引发，可通过去除刺激因素，同时促进溃疡愈合进行治疗。如果是复发性阿弗他溃疡，治疗方案比较复杂。常见药物为免疫抑制剂或漱口水等，病人可口服或外用。需要注意，复发性阿弗他溃疡，服用抗生素治疗无效，所以病人要在医师指导下服用药物，切忌自行服药。
口腔溃疡的治疗，主要是去除病因、增强体质、对症治疗。首先应该去除口腔内的不良刺激因素，比如残冠、残根、不良修复体、不良正畸等，同时戒烟限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，补充机体所需要的营养及维生素。进行适当的体育锻炼，保持愉悦心情。口腔溃疡的局部保持清洁。
口腔溃疡反复发作，多和个人的生活饮食习惯有关系，也和身体微量元素缺乏有关。所以治疗要从生活饮食习惯调理和补充微量元素入手。对于反复发作性口腔溃疡，建议补充葡萄糖酸锌、复合维生素B和维生素C治疗。生活中不要吃容易上火食物，口味选择清淡一点，不能挑食，多吃蔬菜水果，晚上十点之前睡觉，早晨6点之后起床，规律后一般可以明显减少口腔溃疡发病次数。
出现口腔溃疡需要补充维生素。口腔溃疡可能是精神因素导致的口腔溃疡、病毒感染造成的口腔溃疡需要是抗病毒治疗，创伤造成的口腔溃疡，烫伤造成的口腔溃疡，有针对性的进行补充。
口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。