唇腭裂的治疗主要是通过整形来恢复口腔内的结构以及面部的畸形。但是选择什么样的手术方式以及手术时间还需要根据唇腭裂的轻重程度来考虑。最终的治疗目的是改善腭裂，恢复软腭的生理功能。术后还需要进行语言的训练来形成正确的发音。长大一些还需要到口腔科进行牙齿的矫正治疗。
可以进行唇裂手术治疗，最早可在出生后24小时或出生后3个月在患者免疫力良好的情况下进行，因为不仅婴儿免疫力强，能耐受感染，而且身体组织细胞不成熟，不易形成疤痕，为术后畸形恢复创造了良好的条件。
治疗的方法有修复腭裂手术的治疗基本原则是延长软腭，闭合腭咽，恢复正常吞咽和发音功能。还有原则治疗的方法，明显提高大龄患者的腭咽闭合率，对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
主要病因有：母亲怀孕早期感染流感病毒、风疹病毒；遗传因素；怀孕期间服用镇静药、抗癫痫药、激素类药或大量接受X线照射等。主要表现为出生后上唇和上颚裂开成两瓣或三瓣，唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。
治疗唇腭裂要进行手术治疗，唇腭的整形手术可能要分多次完成，寄希望于一次手术即可成功是不现实的。唇腭裂要初步诊断病患程度如何，尽快治疗、按照序列治疗的程序进行治疗。在唇腭裂手术时间方面,尽可能做到在2岁前完成腭裂修复术.对于裂隙较窄,手术后可不暴露或少暴露硬腭裸露骨面的患者,以一岁内完成唇腭裂整复手术为好.而对于裂隙严重,术后有可能遗留较大面积裸露骨面时,则可将手术时间适当延迟。
唇腭裂是可以治疗的，现在的医疗技术很先进的，单侧唇裂患儿需要在3个月时做初期手术，双侧唇裂在6个月时进行初期修复手术，腭裂在10-12个月做初期修复手术。唇腭裂初期修复后部分患儿要进行二期继发畸形修复、齿槽嵴裂的植骨和牙齿的正畸等治疗。