扁平苔藓可以通过电子显微镜和病理切片发现可疑的病毒和细菌，一般高黏血症与再生循环障碍与扁平苔藓有很大的关系，平时要注意保持愉悦的身心，不要有太大的压力，生活作息要规律，可考虑中西医结合治疗。
如果一些孤立性的皮肤损害，一般选择局部乳膏来进行治疗，如果皮损非常广泛的话，一旦停药之后，非常容易复发一般选择使用窄波紫外线或者是长波紫外线和光化学疗法来进行局部治疗。
扁平苔藓可能与或与免疫异常、精神创伤、内分泌失调、细菌或病毒感染、微循环障碍、遗传因素、全身某些疾病等有关系。具体的治疗措施如下。去除局部刺激：如烟酒、牙石、残根残冠、尖锐牙尖、不良修复体等刺激因素。免疫治疗：肾上腺皮质激素：发生糜烂、溃疡或者水疱的扁平苔癣可用软膏、药膜、喷雾、局部封闭等，具有非特异性消炎的作用，尤其是病损区基底部激素注射可有效减轻症状。
口腔部位有扁平苔藓是由于真菌性的感染导致的症状，需要及时对症的使用抗真菌的药物来治疗，平时需要注意口腔部位清洁卫生，饮食上注意调养，不要吃生冷辛辣刺激性的食物。
治疗时间一般在三年左右，口腔苔藓的发生主要和精神状态压力过大，内分泌功能紊乱有关，对于扁平红苔藓需要及时的应用激素类药物进行治疗，如果不得不到及时的治疗，有可能会发生癌症变的危险。可以吃口服药来改善缓解症状，在平常的时候养成良好的饮食卫生习惯，多吃蔬菜水果，不要吃口味较辣刺激的食物。
外阴患上了扁平苔藓是一种真菌感染引起的，可以服用药物治疗，因为真菌感染后想根除是比较慢的过程，配合药物治疗才好，同时用药期间不能过性生活，如果有脚气可以一同治疗为好的，男性也要同时配合治疗的。