通常情况下，脑干梗死可以通过手术治疗、理疗、使用药物等方式进行治疗。
脑干梗死病人会有眩晕、身体失衡、吞咽困难、喝水呛咳嗽等症状。若有吞咽障碍、饮水呛到，短时间内无法康复，则需将胃管切开，并保持胃管内营养，给予鼻内喂食，待病情平稳后，再进行平衡训练和针灸。病情较重的时候会表现为肢体瘫痪、肢体瘫痪等症状，大部分病人还会伴有颅内压力升高和脑积水，可以采用醒脑静、醒脑、甘露醇、甘油果等药物进行醒脑。
可考虑静脉溶栓、动脉取栓，桥接治疗，开通后循环血管的治疗，脑干梗塞叫做脑干梗死，属于脑梗死的范畴。脑干梗死相对于大脑其他部位的梗死，病情更凶险，出现呼吸、心跳骤停的风险较高。脑干梗死的主要表现有一侧肢体无力、肢体感觉异常、口眼歪斜、饮水呛咳等。
一般情况下，基底动脉闭塞脑干梗死，通常是大范围的脑干梗死。这种情况比较严重，可能会有肢体瘫痪、精神障碍等情况，会导致呼吸、血压、心跳、血氧饱和度降低。需要进行心脏监测，如果病人有不稳定的情况，可以使用呼吸机。在出现严重的精神症状时，可以给予醒脑宁、安宫牛黄丸、复方麝香等药物。
在病情平稳后尽快进行康复训练，主要有吞咽、四肢功能、针刺等。平时多注意低脂低盐清淡饮食，促进血液循环、末梢神经功能恢复。
脑干梗死的表现是颅内神经核受损，同时伴有动眼神经核损害、眼球运动障碍、外展神经核损害等。
有的脑干梗死患者表现为偏瘫，有的脑干梗死患者表现为四肢瘫，还有的脑干梗死患者表现为头晕、共济失调，严重的脑干梗死患者还可能会出现昏迷的情况。脑干梗死是一种非常危险的疾病，如果不及时治疗，很可能会造成致命的后果。
观察枕三经针刺治疗小脑脑干梗死所致眩晕的临床疗效。方法：将80例病人随机分为2组各40例，2组均按指南常规治疗，对照组在此基础上加用常规针刺治疗，治疗组在指南常规治疗的基础上加用枕三经针刺治疗。
脑干是大脑最重要的生命中枢，一旦脑干部位出现了病变的情况下，一般治疗效果都不会很理想，脑干梗死的情况下主要是应用活血化瘀的药物，抗凝的药物，抗血小板聚集的药物来对症治疗。