细菌性痢疾是由于细菌导致的，所以应该选择敏感性的抗生素来治疗。可以经验性使用药物，同时进行药敏实验，及时调整药物治疗。同时应注意避免服用止泻的药物以免加重病情。可是适当给予盐水来改善失水的情况，保持水电解质的平衡。
治疗的方法有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。还有对症治疗法，保持水、电解质和酸碱平衡，有失水者，无论有无脱水表现，均应口服补液，严重脱水或有呕吐不能由口摄入时，采取补液治疗。
一般情况下，宝宝痢疾的症状包括儿童腹泻、高热、腹痛、里急后重、粘液脓血便等。小儿得了这种疾病，会因为肚子疼而经常哭泣，或者是拉肚子的次数增加导致的肛周潮红。轻度的患者有少量的痢疾，有或无发烧；严重的患者一日内有十余次的腹泻，伴有高热及粘液脓血。部分中毒性痢疾是指在痢疾基础上，包括中毒性脑病、脱水循环衰竭等。有如下的治疗方式：
1、对症处理：如果有水电解质和酸碱平衡失调，可以通过服用药物或者是静脉注射来保持水电解质和酸碱平衡；
2、病因治疗：应用抗生素药物。
治疗的方法有中毒性菌痢的治疗法，本型来势凶猛，应及时针对病情采取综合性措施抢救。还有局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并且刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。
抗菌治疗，可使用抗菌药物，静脉点滴或肌肉注射，有效地控制感染；局部灌肠疗法：使较高浓度的药物直接作用于病变部位，以增强杀菌作用，并刺激肉芽组织新生，一般作保留灌肠。