胶囊胃镜的缺点有以下几点：
一、胶囊胃镜在部分胃肠道蠕动快时，所拍摄的照片减少，会漏掉部分的病变；
二、胶囊胃镜就能发现胃肠道的病变，但是并不能取这些组织进行活检；
三、胶囊胃镜会因为胃肠道狭窄，或胃肠道蠕动慢等情况，滞留在胃肠道内，需要行外科手术取出来。
四、胶囊胃镜属单纯筛查性检查，若怀疑小肠病变，可以做胶囊胃镜检查，但小肠病变较隐蔽，存在漏诊几率。
通常来说，胶囊胃镜不能检查肠。
胶囊胃镜通常用于检查胃部，有助于诊断胃炎、胃溃疡等疾病，不能检查肠，如果确诊为胃炎，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有胃炎宁颗粒、胃乐新胶囊、胃康灵胶囊等；如果确诊为胃溃疡，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有盐酸雷尼替丁片、兰索拉唑肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等。
胶囊胃镜检查与普通胃镜比较并不精确，易漏检病灶，患者要根据病情结合医生意见选择更合适的检查项目。
胶囊胃镜对胃部环境有较高要求，应确保胃内环境绝对清洁，制备需更加精细，经口腔吞入食道，胃中，然后用磁控或电控观察部位，通常存在不同程度病变漏诊。并找到病变组织不能用胶囊胃镜取出病理检查。再者胶囊胃镜的成本相对较高，不适用于普通家庭。
胶囊胃镜的检查费用大概在2500元-3000元左右一次，相对于普通的胃镜价格要高出很多，对于普通的胃部检查，使用电子胃镜检查，费用相对较低些。胶囊胃镜主要是用于检查小肠部位，因为小肠比较难于进行插管检查。胶囊胃镜的优势在于病人不会感到痛苦，只需服用一粒胶囊，然后医生会利用外部磁场来控制胶囊对病人进行检查。
痛胃镜的副作用是比较小，主要是对咽喉部和消化道黏膜的损伤。无痛胃镜和普通胃镜的区别是无痛胃镜是在全麻的情况下进行，患者感觉不到痛苦，胃镜的前端穿越咽喉部时没有抵抗，减轻了对局部组织的损伤，但是也会对消化道黏膜造成轻度的损伤。
患者需要注意的是，应在专业医生的指导下进行检查，在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
连花清瘟胶囊副作用是烧心。连花清瘟胶囊的主要成份是连翘、金银花、大黄、甘草、板蓝根等。部分患者服用后出现烧心，考虑是药物成分在分解消化吸收过程中，刺激胃酸及胆汁分泌增多引起。这个症状一般不明显，停用药物后可以自行缓解，症状明显时，可以服用专业药物促进下排，减轻症状。另外对于外感寒邪入侵导致的风寒感冒，会很明显的加重感冒症状。建议在医师指导下口服连花清瘟胶囊。注意平时有胃胀、怕凉、不思饮食的，不要吃连花清瘟胶囊。
