胶囊胃镜的缺点有以下几点：
一、胶囊胃镜在部分胃肠道蠕动快时，所拍摄的照片减少，会漏掉部分的病变；
二、胶囊胃镜就能发现胃肠道的病变，但是并不能取这些组织进行活检；
三、胶囊胃镜会因为胃肠道狭窄，或胃肠道蠕动慢等情况，滞留在胃肠道内，需要行外科手术取出来。
四、胶囊胃镜属单纯筛查性检查，若怀疑小肠病变，可以做胶囊胃镜检查，但小肠病变较隐蔽，存在漏诊几率。
通常来说，胶囊胃镜不能检查肠。
胶囊胃镜通常用于检查胃部，有助于诊断胃炎、胃溃疡等疾病，不能检查肠，如果确诊为胃炎，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有胃炎宁颗粒、胃乐新胶囊、胃康灵胶囊等；如果确诊为胃溃疡，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有盐酸雷尼替丁片、兰索拉唑肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等。
胶囊胃镜检查与普通胃镜比较并不精确，易漏检病灶，患者要根据病情结合医生意见选择更合适的检查项目。
胶囊胃镜对胃部环境有较高要求，应确保胃内环境绝对清洁，制备需更加精细，经口腔吞入食道，胃中，然后用磁控或电控观察部位，通常存在不同程度病变漏诊。并找到病变组织不能用胶囊胃镜取出病理检查。再者胶囊胃镜的成本相对较高，不适用于普通家庭。
超声胃镜和普通胃镜的区别如下：
超声胃镜前端有超声装置，而普通胃镜则没有安装，超声胃镜还可检查一些普通胃镜检查不出的病因，比如胃黏膜病变的原因，超声胃镜可以避免胃肠道的干扰。超声检查还可以观察到肉眼看不见的位置，检查范围较为广泛，一般普通胃镜是检查不出正在病变或是病变因子，但是超声胃镜则能很好的观察到这一方面的问题。
无痛胃镜和普通胃镜的区别如下：
1、普通胃镜，相对方便：不用做太多的准备，检查时比较痛苦，这会导致咽喉部、食管、胃部出现反射，反胃、呕吐及异物感。不过敏感阈值较高的人很容易耐受。
2、无痛胃镜，进行了全身麻醉，使检查更清楚、全面、彻底没有任何不适，但是，无痛胃镜检查前需要进行麻醉评估，评估通过后方可进行检查，增加了前置时间，同时增加了成本。
胶囊胃镜的检查费用大概在2500元-3000元左右一次，相对于普通的胃镜价格要高出很多，对于普通的胃部检查，使用电子胃镜检查，费用相对较低些。胶囊胃镜主要是用于检查小肠部位，因为小肠比较难于进行插管检查。胶囊胃镜的优势在于病人不会感到痛苦，只需服用一粒胶囊，然后医生会利用外部磁场来控制胶囊对病人进行检查。
