无痛肠镜就是在普通肠镜的基础上，多了一个无痛麻醉监测费用和麻药的应用。普通肠镜全程操作的时候，是完全清醒的，消化内镜医师持肠镜，由肛门进入依次开始检查。因为结肠较长，可能会出现恶心、腹胀等不适感。
一般来说，无痛胃肠镜与普通胃肠镜检查的区别如下：
二者的主要区别在于，一个是在患者较清醒的状态下进行手术，另一个是在患者进入睡眠状态下进行手术。普通胃肠镜检查比对较痛苦，通常口服利多卡因进行局部麻醉，会让患者感觉不适，导致呕吐的现象，也会觉得疼痛。而无痛胃肠镜检查，通常采取静脉给予丙泊酚等麻醉药物注射的方式，使患者进入睡眠状态，可在检查过程中及醒来之后没有任何不适感觉。
两者各有优缺点。应该看自身具体情况去选择。普通肠镜的话，一是价钱比较便宜，而且预约时间比较短，再就是操作过程中如果有不舒服的情况可以及时告知，减少肠穿孔的风险。缺点就是有些人不能耐受，会中途停止操作。无痛肠镜优点是检查痛苦比较少，完成度高，但是如果有心血管疾病基础的病人会存在麻醉的风险，如呼吸抑制、心律失常，还会增加肠穿孔的风险。
无痛肠镜是在全麻下进行的，机械更小巧更精细，没有痛感，电镜下检查更清晰，但是费用稍高。只要合理用药，加强管理，全麻是不会对人体产生严重危害的。普通肠镜检查是清醒的，用相对较大的传统肠镜从肛门进入镜子来检查肠内结构变化。因检查时肠镜要通过大肠的几个正常的生理弯曲，还要充气才能看清肠内情况，所以会产生腹胀、疼痛等不适感。
普通的肠镜和无痛的肠镜其实在手法及设备上都是差不多一样的。只是无痛肠镜在做之前需要全麻，全麻后不会有他痛苦的感觉，可以减少一些检查时的不适与风险。无痛肠镜的检查能降低应激反应，从而消除恐惧感和不适感，使内镜检查与治疗操作得以顺利进行，整个检查过程病患呈清醒状态，能进行语言交流和配合检查。
通常来说，肠镜应该做无痛还是有痛取决于患者的个人情况。
肠镜是一支细长可弯曲的医学仪器，直径大约1厘米，结肠镜通过肛门进入直肠，直到大肠，可让医生观察到结肠和大肠的内部情况。结肠镜检查是医生用来检查大肠及结肠内部病变的一种诊断方式。而如果患者比较怕疼，而且如果症状较重，建议做无痛的，能够减少疼痛感；但如果患者不怕疼，也可以作普通的，这种会有一定的疼痛感。
