通常来说，慢性肠炎肚子疼吃枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊、阿托品、山莨菪素等药。
慢性肠炎肚子疼可能是由于长期的炎症所致的肠神经受到了刺激导致的，可以口服枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等调节肠道菌群的药物，还可以配合阿托品、山莨菪素等解痉镇痛类的药物。平时也要避免食用过多的生冷和辛辣的食品，避免对肠胃造成刺激，导致病情恶化。
小儿慢性肠炎的发病率很高，一般是因为病毒感染而导致的，一般情况下，小儿慢性肠炎的治疗主要根据病毒和非侵入性细菌来判断。
临床表现出明显的中毒症状，尤其是新生儿、婴幼儿、重症患儿可选用抗生素。抗生素不能治疗由病毒引起的肠炎。治疗由寄生虫引起的肠炎需要服用一些抗寄生虫的药物。可以适当选择胃肠粘膜保护剂和微生态治疗。
慢性肠炎是有由细菌、病毒或者寄生虫引起的胃肠道疾病。治疗慢性肠炎时需根据细菌药物敏感实验结果选用合适的抗菌药物。还有就是需要补充足够的液体以及纠正电解质和酸中毒。建议在日常生活中要有良好的用餐习惯，不吃变质和不干净的食物。养成餐前便后洗手的习惯。
小孩慢性肠炎是临床常见的症状之一，很多都有腹胀，大便次数增多等症状。治疗上可以口服药物改善腹泻、腹痛症状，也可以口服中药来进行治疗。同时注意饮食，不要饮酒和进食辛辣刺激的、生冷的食物。
小儿慢性肠炎老反复，家长要注意护理。
慢性肠炎最明显的特征就是病程较长，而且很容易复发。生活中要让孩子保持良好的心态，不要受到精神刺激，缓解心理上的压力。同时要注意衣服的保暖，多运动，加强身体。饮食上要注意多吃一些柔软、易消化、营养丰富、热量充足的食物，同时要注意多吃维生素、少吃生冷、油腻的食物。慢性肠炎患者不能吃有气的食物，因为这种疾病会反复出现溃疡和疤痕纤维，从而使结肠的弹性下降，吃豆制品、炒蚕豆、白薯等易引起肠道内气体充盈，从而出现急性肠膨胀、溃疡穿孔等并发症。
慢性肠炎是细菌，病毒，真菌或寄生虫引起的小肠和结肠的炎症。表现为腹痛，腹泻，稀水样便或粘液脓血便。小儿肠炎多因不洁东西所引起，故预防最要紧的是食物之清洁及保存安全。
