一般来说，胃镜要稍微比肠镜痛苦一点，具体分析如下：
肠镜和胃镜检查在临床上很普遍，并且随着医疗手段的改进，这两项检查基本都不会非常难受，通常胃镜要稍微比肠镜痛苦一点。建议患者前往正规医院进行胃镜和肠镜，以免导致检查结果出现偏差。如果患者出现不适症状，建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
因为鼻胃镜就是通过鼻子插管来进行检查，所以鼻胃镜不常做。
由于鼻中弯弯曲曲，手术难度很大，鼻孔中的血管很多，皮肤也很薄，再加上鼻子里的小孔，很有可能会造成粘膜破裂，造成流血。而且经鼻胃镜虽然较细，清晰度相对于普通的电子胃镜还是较差。另外，由于鼻胃镜的结构较窄，所以做内窥镜手术有一定的限制，有些手术是不能用鼻子做的。
做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。
相比来说胃镜比喉镜痛苦一些。
胃镜下的管子很粗，需要从咽喉、食道进入胃腔，这段时间由于与食道的摩擦，会对食道和胃粘膜产生损害，在进行胃镜后会出现胃部不适。喉镜的导管很薄，从鼻子到喉咙，病人会有呕吐的症状。所以相比来说胃镜比喉镜痛苦一些。如果患者的抵抗性较差，可以选择无痛胃镜，可以在一定程度上改善患者的不适症状。
做电子胃镜比电子喉镜更痛苦些。电子胃镜是由口内下到胃里，再上拖，非常痛苦。如果是咽喉的炎症，做喉镜就行了。如果检查食管和胃的疾病，可以做胃镜。
检查喉镜时间更长，检查时间喉镜要比胃镜短的多，价格也少的多。虽然现在很多医院已经开展无痛胃镜检查，但麻药过后还是有点难受。
建议患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
无痛胃镜和普通胃镜都有一定的风险，但是无痛胃镜的风险相对更高。
无痛胃镜和普通胃镜都是一种侵犯性的检查，是一种有创的检测方法，都存在一定的风险。无痛胃镜疼痛感较轻，也不会引起咽部对抗反，但是无痛胃镜的病人，可能会因为芬太尼和异泊酚的作用而陷入深度睡眠迷，出现抑制呼吸的现象，在检测的时候，会发生误吸和坠积性的肺炎。因此，无痛胃镜的风险相对更高。
