胶囊胃镜的缺点有以下几点：
一、胶囊胃镜在部分胃肠道蠕动快时，所拍摄的照片减少，会漏掉部分的病变；
二、胶囊胃镜就能发现胃肠道的病变，但是并不能取这些组织进行活检；
三、胶囊胃镜会因为胃肠道狭窄，或胃肠道蠕动慢等情况，滞留在胃肠道内，需要行外科手术取出来。
四、胶囊胃镜属单纯筛查性检查，若怀疑小肠病变，可以做胶囊胃镜检查，但小肠病变较隐蔽，存在漏诊几率。
通常来说，胶囊胃镜不能检查肠。
胶囊胃镜通常用于检查胃部，有助于诊断胃炎、胃溃疡等疾病，不能检查肠，如果确诊为胃炎，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有胃炎宁颗粒、胃乐新胶囊、胃康灵胶囊等；如果确诊为胃溃疡，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有盐酸雷尼替丁片、兰索拉唑肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等。
胶囊胃镜检查与普通胃镜比较并不精确，易漏检病灶，患者要根据病情结合医生意见选择更合适的检查项目。
胶囊胃镜对胃部环境有较高要求，应确保胃内环境绝对清洁，制备需更加精细，经口腔吞入食道，胃中，然后用磁控或电控观察部位，通常存在不同程度病变漏诊。并找到病变组织不能用胶囊胃镜取出病理检查。再者胶囊胃镜的成本相对较高，不适用于普通家庭。
胶囊胃镜的检查费用大概在2500元-3000元左右一次，相对于普通的胃镜价格要高出很多，对于普通的胃部检查，使用电子胃镜检查，费用相对较低些。胶囊胃镜主要是用于检查小肠部位，因为小肠比较难于进行插管检查。胶囊胃镜的优势在于病人不会感到痛苦，只需服用一粒胶囊，然后医生会利用外部磁场来控制胶囊对病人进行检查。
胆囊炎手术有普通的开腹手术和微创胆囊切除手术，不同的手术方式价格有所不同。微创手术损伤小，恢复快，术后不留瘢痕，一般要在1万元左右。普通的开腹胆囊切除手术费用是5000元左右。其实在整个住院治疗过程中，手术费只是其中的一小部分，还包括住院费、护理费和检查费等，总体下来要在1万以上。
腔镜胆囊手术费用在15000元左右。腔镜胆囊手术费在二级及二级以下医院手术费用有所减少，在12000元左右。如果是在胆囊炎的发作期，甚至有坏疽、化脓、穿孔，并且患者有心肺功能不全等基础疾病，手术费用较前有明显增长，平均增长2000-3000元。如果选择传统的开腹胆囊切除手术，手术费用较前有所减少，平均下降2000-3000元。
