异物的损伤，是最常见的病因，一些不消化的异物可以引起直肠粘膜的损伤的，从而导致直肠炎。良性肿瘤恶变，也可以引起直肠炎，比如一般的直肠家族性息肉可以恶变。饮食的原因，高脂肪、高蛋白或者是低纤维素的饮食，与直肠炎的发病有明显的关系。有毒的化学品，比如各种杀虫剂不小心服下以后可以导致直肠粘膜的损伤，引起直肠炎。
造成直肠炎的原因有慢性炎症的刺激：长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特异性结肠炎、憩室炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。
性炎症的刺激：长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、结肠炎、憩室炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。良性肿瘤恶变：直肠腺瘤、乳头状瘤。
三个月的宝宝肠炎主要可能是发育不全、抵抗力差、病菌感染等因素引起的，具体内容如下：
1.发育不全：三个月的宝宝的器官功能发育不成熟，各项功能较差，容易外来环境刺激，引起肠炎；
2.抵抗力差：宝宝的肠道抵抗叫擦较差，如果饮食不当或者局部受凉，女孩引起宝宝肠道屏障功能降低、肠壁通透性增高，从而诱发肠炎；
3.病菌感染：三个月的宝宝出现肠炎，多看是病毒及细菌感染引起的，如轮状病毒、诺如病毒、柯萨奇病毒、大肠埃希氏菌等，容易侵袭肠道黏膜，造成肠黏膜损伤，出现肠炎的表现。
直肠炎常见病因有异物损伤，中毒，感染，局部炎症刺激，性病，免疫功能异常，痔疮，肛瘘，肛裂，汗腺炎，毛囊炎，血吸虫感染等。对因治疗根据引发直肠炎的病因及疾病采取相应的治疗措施。
此类疾病常常由于感染继发，其中病毒或者细菌感染都可以引起，一般与饮食不洁等有主要关系。如果临床疾病出现有严重的腹泻，而且出现有脱水的情况，考虑可以到医院儿科就诊。每天要适当的运动，促进肠蠕动，保持大便通畅，同时要注意腹部保暖，避免受凉。
