一般来说，灌肠治疗的方法主要适用于长期便秘的患者，其他患者一般不建议使用。
长期便秘体内的毒素不能及时排除，时间久了容易引发衰老、雀斑、痤疮等疾病。另外，长期便秘会引起肛裂、痔疮等疾病，甚至直肠癌、结肠癌等疾病，所以灌肠治疗可以预防上述疾病。一般灌肠药物主要是用一些生理盐水或者一些清热燥湿止泻的中药，效果很好。
一般灌肠治疗是把液体和药物通过肛门注入肠管来达到清洁和治疗目的。如果孩子不配合，灌肠的好处能够避免打针吃药能起到药物退烧和治疗作用，但是坏处是灌肠时不小心可能导致肠穿孔和出血等肠壁受伤，因为小孩的肠壁比较薄。
好处能够在短时间内将粪便排除干净，是一种比较好的通便方法，短时并间断进行灌肠，对身体健康影响不大，副作用也少，坏处直肠粘膜的褶皱较少且无绒毛，液体容量和吸收面积都比较小，因此对药物的吸收比较缓慢，药量能够进入血液循环的也是十分有限的。
灌肠是把液体和药物通过肛门注入肠管来达到清洁和治愈的目的。如果不配合，灌肠的好处能够避免打针吃药能起到药物退烧作用，但是坏处是灌肠时不小心可能导致肠穿孔和出血等肠壁受伤，因为肠壁比较薄，出现以上的状况可能比较大，而且用激素抗生素，药物等剂量不好掌握，容易增加过敏和药物耐受，严重时会导致结肠炎或者肠道菌群发生改变，肠道感染。
咖啡所含的咖啡因及茶碱扩张肠壁的血管并缓和肠炎。口服的咖啡会刺激胃壁，其所含的杀菌成份，对于大肠上部的有益菌不利。咖啡灌肠液中的酸会刺激肛门皮肤，可能会使痔疮恶化。
宝宝灌肠的主要目的是用来通便排气，所以宝宝灌肠的好处主要就是能够有效的治疗便秘，给孩子灌肠的时候都会出现一定的疼痛，并且溶液会破坏宝宝肠道当中的一些正常菌群，会破坏肠道的黏膜，会使孩子肠道内的环境发生改变。
