小儿慢性肠炎的发病率很高，一般是因为病毒感染而导致的，一般情况下，小儿慢性肠炎的治疗主要根据病毒和非侵入性细菌来判断。
临床表现出明显的中毒症状，尤其是新生儿、婴幼儿、重症患儿可选用抗生素。抗生素不能治疗由病毒引起的肠炎。治疗由寄生虫引起的肠炎需要服用一些抗寄生虫的药物。可以适当选择胃肠粘膜保护剂和微生态治疗。
腹泻一般是由于饮食不洁导致了胃肠的功能紊乱所致，也有可能是由于有肠炎的存在，经常发生腹泻，有可能是由于有慢性肠炎的可能。建议可以做一次大便的常规检查，如果是有肠炎需要选择敏感的消炎药物进行治疗，也可以找中医医师把脉后中药进行调理。
宝宝慢性肠炎可以口服补液盐药物进行治疗。同时，多饮水，定时定量哺乳，暂时不要添加新的辅食。观察病情，主要看看有无脱水的表现。比如尿量减少，哭时无泪等。如果症状比较剧烈，治疗方法没有明显好转，就要及时到医院就诊。
儿童慢性肠炎的症状主是反复腹痛，通常在进食后加重，疼痛部位不确切，多在脐周，有嗳气、早饱、恶心、上腹部不适、泛酸。部分可有食欲不振、乏力、消瘦及头晕，伴有胃糜烂者可出现黑便。
用于长期反复拉肚子不好，超过一个月左右就是慢性肠炎。多见的就是伪膜性肠炎或者是过敏性肠炎。就是由于长期使用抗药物引起的。同时注意一下过敏原因导致的过敏性胃肠炎，关键是要找到过敏原，避免在次接触。
