一般情况下，霉菌性肠炎通常发生在患者进行免疫抑制治疗时，或重症感染在进行强效长期抗感染治疗而同时患者又处于禁食状态下。其治疗方法可更换抗生素等。具体分析如下：
对于出现相关症状的患者，建议同其医师建议，看能否更换抗生素为低级别抗生素，同时使用大扶康静脉滴注等抗真菌药物，并在后期复查真菌。而若患者处于免疫抑制治疗状态，那需要抗真菌治疗同时进行免疫增强治疗，可以口服或静脉使用一些改善免疫的药物。
一般情况下，宝宝霉菌性肠炎，可以通过以下几种方式进行治疗。具体情况分析如下：
1.需要进行相应的辅助处理，如果是霉菌性肠炎，会导致大便的数量增加，导致体内的脱水和电解质出现问题，需要通过服用补液盐来进行补充。
2.还可以服用益生菌，比如霉菌性肠炎，主要是由肠道菌群失调所致，可以使用益生菌进行调理。
3.还可以口服氟康唑，这类药物主要用于治疗霉菌，具有一定的抑菌效果。
主要是考虑不注意清洁卫生，进食不洁食物引起的肠道感染，主要是霉菌等引起的。可以要对症治疗，可以使用杀菌药物，杀灭霉菌等，促进肠道有益菌群生长，平时餐具要消毒，注意清洁卫生。
其主要的临床表现为腹痛、腹泻、稀水样便、黏液血便，部分的人可能会有发热、里急后重，也就是排便不尽等感觉，部分病人可能会有鲜血便。要多吃些清淡的，有营养的食物。不能吃辛辣生冷或者是比较油腻的食物。多喝温水，多运动，不要熬夜，注意保暖。每天坚持喝小米粥。
婴儿抵抗力低下，通常不能自行修复，考虑为真菌感染而引起的这种表现，需要到专业的儿童医院检查，大便常规明确，诊断以后才能选择抗真菌的药物进行治疗，要注意多饮水，同时补充丢失掉的水分。
婴儿霉菌性肠炎，多为念珠菌感染所致，此菌属条件致病菌，常发生在应用多种广谱抗生素或免疫抑制剂后，导致肠道菌群失调或机体免疫功能下降，或发生在早产儿、营养不良、久泻不愈的弱体儿。霉菌性肠炎的腹泻特点是大多发生在应用抗生素治疗后，轻者腹泻水样，重者水便中可见漂浮脱落的伪膜，甚至泻下血样便，每日可达10次以上。