最为常见的病因是直肠内异物损伤。未消化的骨片、木片或其他带有锐利角的各种异物可直接损伤直肠黏膜而发生直肠炎。此外，严重便秘时的坚硬粪块，可引起直肠炎甚或溃疡。不洁性交，使肛门部患了尖锐湿疣或乳头状纤维瘤，长期摩擦刺激，可引起直肠炎变。
宝宝肠炎主要有细菌性感染、全身感染、饮食不当导致。
宝宝食用不洁的食物容易感染细菌，引起肠炎。如赤痢菌、大肠病原菌、葡萄球菌、沙门氏菌等会引起细菌性腹泻。滤过病毒也是小儿麻痹病毒等婴幼儿肠炎的主要原因。流行性肝炎病毒及其它不明病毒也会引起肠炎，并引起腹泻。其次，儿童全身抵抗力较弱，一旦患上中耳炎、肺炎、肾盂炎等疾病，就会出现肠炎、腹泻等症状。饮食不当会影响宝宝的肠道健康，导致肠炎。饮食不干净，或者吃得太油腻，或者喝太浓的牛奶、脂肪、淀粉等食物，都会导致消化不良，导致肠炎，腹泻等症状。部分抗生素会刺激肠道，引起肠炎，腹泻。
直肠炎肠道发生炎症的原因，平常一定要注意生活习惯就可以的。可以使用中医的中药治疗，效果是比较好的，比如使用中医面在肚脐处外敷治疗。另外，高脂肪、高蛋白、低纤维素的饮食与直肠炎发病有关。
直肠炎大多数是因为体质不好抵抗力差，胃肠道疾病，呼吸道感染后，出现便秘、腹泻、痔疮、肛管直肠脱垂、肛瘘、肛门直肠狭窄、直肠损伤、异物等，导致的直肠发炎。另外饮食不洁、过度饮酒、食用刺激性食物，细菌感染等因素都可以引起直肠炎。
直肠炎可由于多种因素而导致发病，如直肠损伤、病原菌入侵、寄生虫、毒素等原因而诱发的直肠粘膜炎症反应。直肠炎是常见的胃肠疾病，其病因和不健康饮食、身体免疫等有关，在医生指导下用药，建议在配合临床治疗的同时，平时饮食上按时就餐，戒吃辛辣、油炸、烟熏食物如烧烤等，不吃过酸、过冷等刺激强烈的食物，不饮酒，少饮浓茶、咖啡等，多吃素菜和粗纤维食物。不要吃油腻食物。多吃一些清淡食物。两方面配合治疗比较好。
