在常规治疗用药后症状可得到缓解，症状减轻，停药后容易复发。因此治疗起来比较困难，西医对此病主要运用抗生素进行消炎止痛，抗感染治疗。根据中医整体观念，可以针对不同病因，多角度进行治疗，发挥中医辨证论治的优势，因而疗效显著。
如果是肠炎，应该到医院检查一下大便常规和血常规，确诊后再治疗，可以选择肛门给药，之后再考虑口服，因为有时肠炎严重的话有可能造成肠道吸收不良，所以会是药物起不到应有作用，另外要多饮白水，不能使他脱水，那样就要打点滴了。
可以考虑积极的灌肠治疗，效果很好的。直肠炎是一种趋向于对传统和自然疗法结合的十分敏感的病症。由于外科手术会带来的潜在的并发症，所以一般选择非外科手术的疗法来治疗直肠炎。然而，一些特定的疗法取决于引起直肠炎病症的原因。
需要化验大便，如果有炎症，可根据病情口服、肌注或静滴抗生素。如果没有炎症，需要应用保护胃肠粘膜的药物和调节菌群失调的药物治疗。慢性直肠炎急性发作时，予以清热解毒、润肠通便。里急后重，便次多者需用药物。
直肠炎是一种常见的消化系统疾病。治疗主要通过适当休息，进食清淡、营养丰富、刺激性少的食物，并得心情愉快，劳逸结合。可根据病情，肌注或口服抗生素，主要有广谱抗生素。对于慢性直肠炎病人，可通过中药灌肠等对症处理。
