这种的治疗应当首选保守治疗，可以不必特殊处理，没有症状可以暂时观察。如果有疼痛症状，那么应当需要进行穿刺抽取局部的液体。如果出现反复发作，疼痛比较明显，有可能需要进行手术切除。
腱鞘囊肿手术一般是不疼的，患者不用过于担心。
腱鞘囊肿手术都是在麻醉状态下进行的，针对腱鞘囊肿的不同位置，采用不同的麻醉方法，因此，肌腱鞘囊肿并没有感觉到疼痛。指间囊肿可以采用指根或臂丛手术，前臂或肘部都可以采用臂丛麻醉。术后应用驱血和止血处理，可降低手术部位的并发症。患者应该注意恢复期间禁食海鲜类食物，如海鱼、海虾等，同时遵医嘱用药。
一般临床上指手腕部腱鞘囊肿而言，指腕部关节囊及腱鞘周围出现良性肿块。发生腱鞘囊肿后，必须清楚其不癌变，亦不蔓延，因此，不必太过忧虑。
若发生手腕部腱鞘囊肿，可采用推拿手法，还可采用手挤的办法，将腱鞘囊肿击碎，这样囊液就会自己逐步被吸收，从而避免了手术，也让囊肿的情况得到了好转。
当然是腱鞘囊肿通于关节的情况，且囊较大，这时用推拿手法或挤压方法都不能让囊肿消除。这时可考虑通过手术摘除囊肿，术中缝合囊肿壁，从而降低囊肿复发。手术后，需定期进行复查，平行伤口换药，这对伤口有好处，对疾病有好处。
通常来说，腱鞘囊肿抽液很疼，具体分析如下：
腱鞘囊肿在抽取液体的过程中不会感觉到疼痛。刺痛感是从刺入囊肿的皮肤开始的，因为皮肤上有浅表神经和血管，所以在穿刺的时候会感到疼痛，但是在穿刺的过程中并不会感到疼痛。而且，如果将囊肿中的凝胶状物质抽出，也不会感到任何的痛苦，因为囊中没有任何的神经分布。在拔出针头的过程中，也不会有明显的疼痛。
一般情况下，当腱鞘囊肿处于浅表位置，且囊壁较薄时，可以通过挤压使其破裂，这种情况下，腱鞘囊肿挤破并不疼。但是对一些深层的腱鞘囊肿，且囊壁比较厚时，挤压时就会伴有明显疼痛，而且不容易挤破。所以一般并不推荐采取挤压的方式来治疗腱鞘囊肿，患者可以通过腱鞘囊肿切除手术进行治疗，并且该手术也是一种非常简单的手术，术后复发的概率非常小。
