多指畸形的发病原因主要常见的是遗传因素和环境直接因素引起。存在多指畸形有以下几种原因：
1、遗传因素：如果父母有多指畸形，或者是父母两个家庭都有多指畸形，那么孩子的患病几率就会更大。
2、后天因素：多指畸形是后天因素造成的。孕期空气质量差、接触辐射多、熬夜等不良生活习惯、吸烟、饮酒等。如果孕妇在孕期使用一些药物，也会引起多指畸形。
婴儿多指畸形主要跟遗传因素有关，具体如下：
父母家庭成员中有多指畸形病人，子女多指畸形的概率就会增加。孕期母亲受到电离辐射，如X线、CT检查等，可能损伤胚胎。孕期母亲用了致畸药物也会导致多指畸形。母亲生活习惯不好，如吸烟、喝酒容易导致多指畸形概率增加。腹部创伤导致胎盘受损也会使多指畸形发生的概率增加。
小儿患有多指畸形要尽早到综合医院骨科、整形外科、专业的手术外科就诊。
让专科医师判断多指畸形类型和严重程度，确定治疗的最佳时机和手术方式。患儿多指畸形，手术时机一般在半岁后。小儿半岁前对麻醉的耐受能力较差，且手指过于纤细，神经血管肌腱解剖没有半岁后清晰。手术方式以切除为主，复杂的多指要采取两个手指合并的方式，恢复手指大小和功能。
多指畸形的原因有遗传因素，如父母双方患有多指畸形，或父母双方家族中出现多指畸形患者，则后代患病的概率较高。后天的很多因素均能导致多指畸形的产生。如怀孕期间空气质量较差、或接触了较多的放射线，或有熬夜等不良生活习惯、吸烟、饮酒等。女性若于怀孕期间服用某些药物，也可导致多指畸形的出现。
如果宝宝出现多指畸形，建议家长尽快带宝宝去正规医院的骨科、整形科或者是手外科就诊。
多指畸形主要是通过手术摘除，最好在6个月之后进行。6个月之前，儿童对麻药的抗性较弱，可能会增加外科手术的危险性。此外，小儿神经、血管及肌腱发育较弱，在手术中难以辨识，主要是要避免指神经、血管及肌腱出现损伤。因此，最好是在六个月之后进行手术。