肛门直肠周围脓肿的治疗原则主要是控制感染扩散，减轻病人的痛苦，少数病情较轻的肛周脓肿用抗生素、热水坐浴及局部理疗等，脓肿可以消散，需要手术治疗，保守疗法包括全身或局部应用有效的抗生素，静脉滴注或灌肠外用，一旦脓肿形成，最积极的方法是及时切开引流。
少数肛周脓肿药物，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗。平时应该注意不吃辛辣刺激，注意局部卫生，饮食以清淡易消化为主，禁食辛辣刺。激性油腻食物，适当补充营养。
肛周脓肿应该使用抗生素，一般都是应用，革兰氏阴性杆菌的抗生素，温水坐浴，理疗烤电。手术切脓肿切开引流是治疗的最主要的办法，诊断明确就应该切开。肛周脓肿又叫直肠肛管周围脓肿是指，直肠肛管周围的软组织或间隙发生的化脓性炎症。脓肿是急性期的表现，肛瘘是慢性期的表现。
可以现在行肛瘘切开引流手术，治疗渗液的问题，也可以待瘘管疤痕化形成后形肛瘘再手术。手术是治好的好办法，浅表瘘可以用切开法。较深可以用挂线法。肛周脓肿，无痛，并有脓液由肛门流出，认为是较浅表的肛周脓肿。同时已形成肛瘘。
对于肛周脓肿，西医常用的是抗生素，可以通过口服或者静脉点滴来进行治疗。
对于肛周脓肿，可以在浅浅的地方涂抹，如果是在皮肤比较浅的地方，那么就可以进行手术。反之，局部脓肿不是消失，而是扩大，或者是软化，就是已经形成了脓液，可以通过切口排脓。对于小儿肛周脓肿，父母要立即送到正规的医疗机构进行正确的处理，以促进病情的好转。上述药品需要在医生的指导下服用。
肛周脓肿是一种很常见的病症，也多发育儿童，但肛周脓周是一种需要外科治疗的疾病，是不可能自行恢复的。
如果只是单纯的肛周炎性包块，只要及时进行抗炎处理，就有可能痊愈。如果是肛周脓肿，可能会出现自然破溃而形成肛痿，此时需要做第二次手术。
肛周脓肿的另一种治疗方法是直接切开引流，也可以一次性根治肛周脓肿，但不能自己痊愈。
