婴儿进行核磁共振通常是没有明显危害的，可以在医生指导下正常进行，无需特别处理。
对于婴幼儿来说，核磁共振是一种非常安全的检查方法，是一种使用高场强磁场进行检测的仪器，通常不会对人体造成任何的伤害，在临床上是一种常用的检查方法。但是磁共振检查耗时较久，噪声较大，婴儿可能不能配合检查，要先进行镇静。需要注意的是，当通过磁共振发现幼儿患有某些疾病的时候，最好是可以尽快的进行治疗，并且在选择药物的时候也应该要慎重。
核磁共振是通过核磁共振来检测人体的内脏，不会产生辐射，所以不会对人和大脑造成危害，甚至连婴儿都不会造成危害。核磁共振的时候，身体要保持平稳，正常的扫描要20分钟，如果要做X光或者做血管造影，则要花费更多的时间，所以，宝宝只能在睡觉的时候做，或者是在睡觉的情况下使用镇定剂，这样才能让手术成功，影像清晰，结果也更加可信。
早产儿有智力疾病需要做个核磁共振进行检查一下，核磁不是手术，早产儿由于各器官没有发育成熟，需要放到保温箱中等到各器官发育成熟之后，需要出保温箱的。早产儿需要注意保暖，避免发生硬肿症，接触孩子时要做好消毒措施，避免发生感染，尤其早产儿要加强喂养，加强护理的。
核磁共振检查是利用核磁共振成像的原理对人体器官进行的影像学检查，没有任何的放射性，因此对人没有伤害，对大脑更加是没有伤害了，即便是婴幼儿也是一样的无害。
很可能会影响到婴儿的听力问题。因为婴儿会随时的哭闹，如果在做检查的时候哭闹就会影响到检查结果，在这个时候如果一些镇定剂的话，剂量过大也会对婴儿的正常发育造成影响。
怀孕期间可以进行核磁共振检查，因为孕妇有肥胖、羊水不足、胎儿已经进入盆内，或者是产前超声无法确认的情况。
可以为胎儿胃肠道和消化道的异常情况提供更多的补充资料。建议孕妇和家人不要害怕核磁共振会产生辐射，也不要担心会对胎儿的发育有什么影响。在怀孕的3个月内，胎儿正处在细胞的分化发育阶段，因此要避免做核磁共振。