一般来说，三个月大的宝宝睡觉摇头有以下几方面原因：
1、皮肤瘙痒：如果伴发有湿疹、痱子等，从而引起三个月大的宝宝睡觉摇头的症状，建议家长及时带孩子去医院治疗。
2、缺乏钙：缺钙可能会影响到正常的肌肉或神经功能，从而出现该症状，此时建议家长在医生的指导下选择碳酸钙颗粒、小儿碳酸钙D3颗粒等药物给孩子吃。
三个月的宝宝睡觉摇头是由于缺乏维生素D引起的。也就是佝偻病的症状。通常足月儿在宝宝出生后15天就需要补充维生素D，早产儿需要出生就补充维生素D，母乳中含有维生素d比较少。
小宝宝睡觉摇头、手脚乱动是典型的缺少维生素D和钙的症状。缺钙的宝宝副交感神经兴奋，引起的腺体分泌增多、出汗多，汗液刺激宝宝头皮痒，这是宝宝摇头的原因，经常摇头可致头发脱落，形成枕秃。
三个月宝宝睡觉摇头，我们要分析是生理性的还是病理性的。生理性的摇头，一般是在孩子快要入睡的时候出现，完全睡着之后就会消失，这种现象一般在六个月之前的孩子可能会有，这是正常的生理现象。也有一部分孩子睡觉摇头，是由于缺乏维生素D或钙元素造成的，就属于病理性的原因，一般在及时补充维生素D或钙元素后就可逐渐改善。
引起婴儿入睡摇头晃脑的原因有很多种：
一是头痒，有个风俗是婴儿满月之前没有为婴儿洗发，使头发变得脏乱，若大量流汗，则可使头皮痒得难受，婴儿不表达，只靠摆头减轻痒状；
二是婴儿头湿疹，由于大量流汗或者穿厚厚的衣物，使湿疹发作，还会痒得很厉害，靠头前后磨蹭才能达到搔痒效果；
三是钙、维生素D不足可使婴儿大量流汗，头皮痒得厉害，使婴儿爱往返摩擦。
可能只是孩子学会的一种技能，白天乏力了，睡觉的时候也没有忘记这个动作，通常没有什么问题，可以观察看看，也有可能是因为缺钙导致的，可以给宝宝补充一些鱼肝油。
