疱疹性咽峡炎的疱疹只在口腔内部，这是与手足口病的最大不同。而手足口病的儿童，大部分都是从喉咙开始出现疱疹，然后发展到四肢和四肢，很少会出现在四肢和背部，并伴有发热。
皮疹通常是米粒或绿豆大小，皮疹周围有红的灰色小疱疹或红色丘疹，不痛不痒，也不会结痂。另外，咽峡炎除了有细菌感染外，一般不会有脑炎等并发症。少数儿童患有手足口病，可造成心肌炎、肺水肿、无菌性脑膜炎等并发症，尤其是重症儿童，病情进展迅速会造成死亡。
对于幼儿急疹来说出现皮疹以后整个病程基本结束，不会再出现发热的或者说不会出现高热。而对于病毒性的皮疹，出现皮疹以后并不代表体温正常和病程结束，有可能会继续发热的这是这两种皮疹最典型的一个区别。
幼儿急疹超过38.5度，可以口服退烧类药物帮助退烧，多喝水，口服清热解毒类药物。幼儿急疹的症状是在发热期间精神良好，食欲正常，大多不伴有咳嗽或者流鼻涕，部分患儿可以出现高热惊厥。皮疹为红色斑丘疹，可见于颈部、躯干、四肢等处皮肤，皮疹3天左右可以消退，无色素沉着或者皮肤脱屑。
发生幼儿急疹后，体温可能会骤然升高到39°C-40°C，并持续发热三四天，伴有腹泻、大便稀糖、流鼻涕等症状。病后约4天内体温很快恢复正常，头及躯干有小而明显的粉红色斑点状红疹，压之可消退。
幼儿急疹多由风热，热毒内争引起，需要在医生的指导下服药，通常对症用药，大部分以控制发热、疼痛为主，并结合中医按摩疗效较好。
小儿麻疹与小儿急疹的区别，麻疹是由麻疹病毒引起来的，幼儿急疹它的原因目前还不尚清楚，可能与病毒有关，临床通常麻疹的年龄跨度比较大，小儿急疹往往多仅限于婴幼儿。小儿麻疹和小儿急疹往往都在3到5天发热出疹，但小儿麻疹出疹时，往往热度更高，小儿急疹发热出疹以后，热就退了，也就是小儿急疹是热退疹出，小儿麻疹疹出了，热难结束。
疱疹性咽峡炎和手足口病主要区别在于临床表现不一样。疱疹性咽峡炎主要是肠道病毒感染，临床常表现为高热，口腔咽峡部出现很多疱疹，常伴随有剧烈的咽部疼痛，吞咽困难，进食比较困难，流口水也增多。而手足口病主要发生于夏季，也是由肠道病毒感染所导致，常表现为手、足、臀部等部位的皮疹。
