母乳性腹泻是乳糖不耐受引起的，如果大便次数不多，不影响生长发育，体重增长是正常的，就不需要特殊治疗。如果大便次数比较多，体重增加缓慢或者是体重不增，首先调整饮食，选用没有乳糖的配方奶粉喂养。
宝宝母乳性腹泻，也属于是宝宝的生理性腹泻。因为宝宝月龄小，所以消化系统、神经系统发育不完全，消化能力较弱，经常会出现消化不良、腹泻的症状，大多是由于宝宝对母乳当中的乳糖不耐受所引起的，一般一岁左右就会自愈。添加辅食之后，大便就会逐渐转为正常的。
可能与乳糖不耐受有关。乳糖不耐受是由于乳糖酶分泌少，不能完全消化分解母乳或牛乳中的乳糖所引起的非感染性腹泻，又称乳糖酶缺乏症。需采用无乳糖配方奶粉替代喂养，待孩子适应后再服用常规配方奶粉。
可以选用无乳糖配方的奶粉。缓解腹泻的情况后，逐渐增加母乳喂养的次数。宝宝对母乳过分敏感，导致母乳喂养后，出现腹泻情况。可以尝试混合喂养，比方说两次奶粉中间喂一次母乳，或三次奶粉一次母乳，如果患儿的大便次数不多，不影响生长发育，不需要特殊的治疗。
如果孩子腹泻程度一般，无其他症状，精神活泼，食欲良好，虽腹泻病程较长，但是体重在不断增加。无需特殊治疗，可以继续母乳喂养的，如果腹泻严重的话可以吃点止泻药物调理一下，同时可改用不含乳糖的奶粉。和母乳混合喂养，一般添加辅食以后会好转的。
对于严重的母乳性腹泻，应该进行治疗，一般可以使用中药治疗，根据年龄的大小不同剂量，可以将胶囊中的药物祛除胶囊后冲服，同时也可以使用针灸的方法进行治疗，效果很好。