性功能障碍应加强对性知识的引导，消除对性问题的忧虑和恐惧，纠正错误的性观念和性交方法，使夫妻的性生活协调一致。心理治疗强调个体化治疗，常用的有心理分析、厌恶疗法、全身脱敏疗法、家庭疗法等。主要通过性集中训练，使之逐渐适应，熟悉性交过程，提高自己的性反应意识，充分享受性交的快感，减少对性交的焦虑和恐惧。在治疗过程中，另一方应避免性体验、性自尊和性幻想的不良刺激，避免有害的性吸引活动。耻骨尾骨肌训练对于骨盆底肌松弛或产后耻骨尾骨肌发育不全的妇女尤其有效。
对于肾阴虚证的患者，可以采用滋肾育阴，养血益气的治疗方式，而肝郁气滞的患者，而需给予养血柔肝、理气解郁的治疗。肾阳虚证的性功能障碍可以采用温肾扶阳、填精益气的治法。
性功能康复离子透析是治疗性功能障碍的最先进的方法，安全、快速、先进，也可以选用中成药来调理，日常应增强体质，避免辛辣刺激，饮食上多吃有补肾固精作用的食物，比如狗肉羊肉猪腰等。
性功能障碍治疗主要包括以下几个方面：性功能障碍药物治疗：针对不同的性功能障予以相应的药物治疗；物理治疗：如不射精可进行电动摩擦治疗，不兴奋可进行振动治疗；手术治疗：如包茎、包皮过长进行包皮环切术，器质性阴茎勃起障碍可以假体植入治疗等。
性行为治疗，主要是通过性感集中训练，使病人逐渐适应、熟悉性交过程，提高病人对性反应的自身感觉，充分享受性交的快感，减轻对性交的焦虑和恐惧。治疗过程中对方应避免对病人性体验、性自尊心和性幻想的不良刺激，避免有害的性引诱活动。
中国传统医学认为，性功能障碍主要与“肾”有关系，而用针灸能够通过经络的作用，纠正肾功能的失常，用来治疗阳痿、遗精等性功能疾病。心理治疗：在探讨阳痿的成因时，归纳为“思想无穷，所愿不得，意淫于外，入房太甚”等几大原因，所以治疗上也必须使用心药。即“凡可以满足人之心愿，解除其心中不可语人之愁闷，谓之心药。”根据病人出现的问题，寻找心理方面的原因，然后再进行疏导。
