一般情况下，月经第三天同房不会妊娠。
同房是否妊娠通常由三方面因素进行判断，一方面是女方是否会在近期排卵，另一方面是是否有精液进入阴道，精液是否正常，第三个方面就是女方的输卵管是否是通畅的，有没有梗阻。排除精液和输卵管的问题，单纯从排卵的角度来考虑，来月经的第三天处于卵泡期，此时通常不会排卵，相对来说处于安全期，所以月经第三天同房一般不会妊娠。
通常情况下，月经来了不会怀孕。具体分析如下：
如果患者的月经来了，就算此时同房，一般是不会怀孕的，如果患者怀疑自己怀孕，建议及时到医院去检查，首先要查血绒毛膜促性激素，明确是否怀孕，做妇科检查了解阴道、宫颈的情况以及出血的来源，彩超检查了解宫腔内有无占位性病变或者有无妊娠的依据、有无盆腔积液，双侧附件区有占位性病变。如果血绒毛膜促性激素检查结果是正常的，可以排除怀孕。
月经结束后第三天同房是否会怀孕，要看月经期是几天，如果在七天内，月经干净后第三天是安全期同房基本是不会怀孕的，但也不能完全排除，也有排卵提前的可能。如果实在担心怀孕，还没有超过72小时，可以吃紧急避孕药进行补救避孕。
月经刚来怀孕的几率很小，这时候属于安全期，但是如果月经期很长，那么排软也可能会提前，这种时候同房就有可能会怀孕，所以说没有绝对的安全期，如果不想怀孕，不论什么时期都应采取好避孕措施，以免意外怀孕后行人工流产对身体造成伤害。
刚过完月经同房可能会怀孕，但概率较低。
正常的月经经期是2-8天，如果月经期在这个范围以内，而排卵日在下次月经要来的前14天左右，排卵日的前5天、排卵日当天及后4天就是排卵期，在这段时间内有性生活，而且没有采取任何的避孕措施，就有怀孕的可能性。对于月经比较规律、周期为一个月的患者来说，月经周期的第11到20天就是排卵期。如果月经经期延长，持续10多天，月经刚过完，有性生活就有怀孕的可能性。
在月经期间进行性生活不会怀孕。月经期间，卵子处于发育的状态没有成熟，所以在阶段不具备怀孕的条件。但是在月经期间，不要进行性生活，月经期间是一个特殊的时期，是女性抵抗力比较低的阶段。另外，宫口属于开放的状态，这时很容易导致宫内感染。在同房的过程中，会把细菌带入到宫腔内，会引起子宫内膜的炎症、子宫内膜异位症，还有就是宫颈、阴道的炎症等。
