胚胎本身或遗传基因问题，精子和卵子成功结合成受精卵后着床发育，首要条件必须精子和卵子都是健康的，如果夫妻双方或一方有生殖系统的炎症，可能会导致精卵本身异常，这样的胚胎是不能继续成长的，这是自然界优胜劣汰的法则。还有，染色体非正常化等遗传问题，也会造成胚胎本身的变异，容易造成先兆流产。所以，夫妻双方的身体健康，良好的生活习惯以及孕前科学检查就显得尤为重要。
首先是胚胎因素染色体的异常，是早期流产的主要原因。其次是母体因素，母亲本身有一些基础性的疾病。最后黄体功能不足，因为孕酮低，导致先兆流产的发生。妊娠期间如有先兆流产征象，应及时就诊。
先兆流产原因男方可以查染色体、染色体断裂率、精子DNA完整率、精液分析、抗精子抗体、优生四项、支原体、衣原体、血型等。女方要查：染色体、染色体断裂率、优生四项、免疫、支原体、衣原体、内分泌六项、白带常规、封闭抗体、血型等。
先兆流产发生的病因主要有，染色体异常，染色体异常是流产的主要原因，染色体异常包括数量异常及结构异常两大类。又或者是母体原因，包括全身性疾病，全身感染时高热，可诱发子宫收缩，引起流产，还有一些已知的病原体感染，孕妇心衰、严重贫血、高血压、慢性肾炎及营养不良，均可导致先兆流产。
先兆流产原因：孕妇方面：包括内分泌功能失调如黄体功能不健，甲状腺功能不足等，孕妇感染性疾病，毒性物质接触及生殖道畸形如双子宫，子宫肌瘤等均易导致先兆流产。胎儿方面的因素：则最突出的是受精卵的染色体异常，父体或母体生殖细胞不健全是主要原因，其他原因如脐带供氧不足，羊水疾病，胎盘病毒感染以及某些妇科炎症等，也会引起流产。外环境因素：不恰当的性生活尤其是在早孕早期易引起流产。
