习惯性流产的因素有染色体原因和母体原因。习惯性流产的原因比较复杂，早期的这种胚胎的停育有15%-40%的几率是因为胚胎本身染色体出现问题而导致的。有3%-5%的原因是孕妇和她的配偶本身染色体出现问题。
习惯性流产的常见原因可能是染色体异常、病原体感染等。
习惯性流产以夫妇染色体异常最为多见，因此，每一次妊娠后，均可在妊娠早期发生自然流产。也有些妇女，可因感染了带有病原体的疾病，并影响胚胎正常发育。那么，对于这些患者来说，如果他们自身没有受到严重疾病的侵袭，就不应该去医院就诊。例如，弓形虫和疱疹病毒的感染，或支原体、衣原体感染等。如果这些患者患有严重疾病的话，那么在妊娠之后，胚胎无法正常发育，所以也会发生习惯性流产，而且这种情况还经常会伴随着其他一些并发症的产生。
患有习惯性流产的女性，可能前几次宝宝没保住，再一次地妊娠之后会格外的在意身体，但是切不可过度的小心，凡事适可而止，过度的小心会导致孕妇不敢运动，影响到宝宝的发育。去当地三甲医院或三甲以上的医院检查治疗，去当地正规的大医院咨询后进行检查治疗。
自然流产连续发生3次或3次以上者称为习惯性流产。每次流产往往发生于相同妊娠月份，流产经过与一般流产相同。最好去当地正规的大医院咨询后进行检查治疗。早期流产的原因常为黄体功能不全、甲状腺功能低下、染色体异常等。晚期流产较常见的原因则为宫颈内口松弛、子宫畸形、子宫肌瘤等。建议去专业医院进一步检查，明确病因对症治疗。
惯性流产的主要原因是染色体缺陷，各种子宫疾病，过多接触某些有害的化学物质(如砷、铅、苯、甲醛和物理因素(如放射线)，均可引起流产。去当地正规专业的医院进行检查和治疗。凡是有过习惯性流产经历的妇女再次怀孕的时候一定要禁止进行重体力的劳动。