中医治疗主要以“补肾活血、清热利湿”，运用清热解毒、活血化瘀、补肾益气等法恢复精子的功能，效果不错的。首先检查确定具体的原因，如前列腺炎、精索静脉曲张等，明确病因针对性治疗。精子畸形是容易导致流产的。
食疗：从补锌入手，在饮食里面多吃点含锌的食物。枸杞：临床上具有滋补肝肾阴血之功，枸杞粥制作简单，但是对畸形精子症有很好的疗效。虾仁：具有温肾壮阳之功效。雄鸭虫草汤：主治精少，精子畸形等。
中医认为本病症的病因病机包括两个方面，一是房劳过度、久病，或大病刚愈，致肾阴或阳虚弱，精失所养而致畸型精子增多；二是因饮食不节，湿热内生，或湿热毒邪内侵，蕴结精室而致畸型精子增多，而致男性不育。治疗原则：针对该病症的主要病机，宜以补肾益精、通利精道为治疗原则。以期使肾主生殖，生精及精干排运功能恢复正常。
升精子质量、改善精子畸形需要补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质这三个物质。服用三个月的口嚼片来补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质，蛋白锌蛋白硒可以提高精子活力和精子质量，而蛋白质辅助配合能够促进精子生成，增强男性免疫力。三个月再去当地正规医院做检查，以及康复护理工作。
引起畸形精子的原因有很多，因此畸形精子症的治疗要消除不利因素（药物、放射线、高温、酒等），针对病因进行治疗。由生殖道感染引起畸形精子症的，可进行抗炎治疗；由内分泌异常所致畸形精子症，则给予内分泌功能调整；对精索静脉曲张引起畸形精子症的，应考虑手术治疗。畸形精子如超过70%，应进行染色体检查，如有染色体病，则治疗困难。喝点中药或者是吃点中成药，调理，都是可以的。锻炼身体，劳逸结合，避免烟酒刺激。
