肉芽肿性前列腺炎主要是以下原因引起的：
1、泌尿道反复感染：泌尿道反复感染，造成炎症反应，造成导管阻塞。床上，约70%的患者都有过泌尿系统的感染。
2、医源性泌尿系统损害：前列腺炎多发生于术后半年，经尿道部分切除、前列腺穿刺活检、膀胱肿、卡介苗灌流等。
3有明显的全身症状，常见的致病微生物有真菌、结核杆菌、布氏克鲁斯菌、梅毒螺旋体等。
4、系统性疾病：全身性肉芽肿病的病人，身体的各个器官都会出现肉芽肿性结节，一旦上皮细胞受损，就会有细菌毒素和前列腺分泌物进入人体，从而引发前列腺炎症，从而形成肉芽肿性结节。
肉芽肿性前列腺炎是一种非特异性的、多种组织模式的炎症。与局部强烈的异物反应有关。引起的首要因素是前列腺导管阻塞，包括细菌感染引发的炎症过程或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生也造成或加重前列腺导管的梗阻。
肉芽肿性前列腺炎发病机制不明，与局部强烈的异物反应有关。首要因素是前列腺导管阻塞，原因包括细菌感染引发的炎症过程或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生也可能造成或加重前列腺导管的梗阻。感染和炎症破坏导管和腺体上皮，细胞碎片、细菌毒素和前列腺分泌物进入组织间隙，成为基质内异物，激发肉芽肿性炎症反应。肉芽肿性炎症可能是局限的，也可能累及整个前列腺。
对性功能和生育的影响：主要表现为性功能减退，如同房时间短或早泄，可能与肉芽肿性前列腺受到炎性刺激有关。阳痿与肉芽肿性前列腺炎的关系尚不肯定，肉芽肿性前列腺炎并不直接损害阴茎勃起的神经-血管功能。长期的不适感在病患心理上产生压力，使他们产生抑制和担心，特别是对不了解本病的病患常会认为自己的性功能有问题。久而久之可能产生精神性阳痿。前列腺炎并发精囊炎时可以出现血精。
芽肿性前列腺炎的发病与局部强烈的异物反应有关。前列腺导管阻塞是首要因素，原因包括细菌感染引发的炎症过程或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生也可能造成或加重前列腺导管的梗阻。感染和炎症破坏导管和腺体上皮，细胞碎片，细菌毒素和前列腺分泌物进入组织间隙。
肉芽肿性前列腺炎的发病与局部强烈的异物反应有关。前列腺导管阻塞是首要因素，原因包括细菌感染引发的炎症过程或外科创伤造成的组织坏死，前列腺增生也可能造成或加重前列腺导管的梗阻。肉芽肿性炎症可能是局限的，也可能累及整个前列腺。炎症缓解慢，约需2～3个月的时间，局部被纤维结缔组织替代，质地发生变化。