到医院的生殖感染科就诊，基因芯片检测系统可以对感染的病原菌进行准确的定性定量分析，以明确诊断，以免病情延误。如果确定是生殖器肉芽，需要做激光手术治疗，尽快治疗好，避免传染。
提高机体免疫力。应用抗病药物。可以激光治疗：通常用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣，本疗法最适用女阴、阴茎或肛周的湿疣。对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可行2-3次治疗，间隔时间为一周。
生殖器肉芽缓解方法有冷冻、激光、电凝和光动力治疗。如果不想去医院治疗可以使用咪喹莫特或鬼臼毒素等外涂治疗。复发率较高，平均需要3次左右治疗，其中光动力治疗效果较好。口服及注射药物，效果有限。
生殖器肉芽激光以后的都要配合药物来治疗，进行综合治理。目前，治疗尖锐湿疣的方法是用传统中药与西药结合治疗，强力阻断尖锐湿疣病毒的复制，给人结扎一样，使其不能产生新的病毒。
生殖器肉芽要以清淡的食物为主，可以吃一些新鲜的蔬菜水果，也可以吃一些动物的内脏，奶类，蛋类，肉类，贝壳类，乳及乳制品，瘦肉，牛肉，羊肉都可以，也吃一些含叶酸较多的食物。