很多性功能障碍是由于性经验的不足及性交次数较少，在一两次的失败之后产生的。可以进行认识疗法。认识疗法的目的是让病人对伴侣毫无顾虑的说出自己的性需求。增加双方对性及性器官等的了解，坦诚相待，这样能够减少羞怯感，从缓解性功能障碍。心理分析疗法，行为疗法。
可以采取性教育及心理治疗：加强性知识指导，消除对性问题的顾虑和恐惧，纠正错误性观念及性交方法，使夫妻性生活协调。心理治疗强调个体化治疗方案，常用的有精神分析法、厌恶疗法、系统脱敏疗法、家庭疗法等。
性功能障碍主要是指性欲改变的存在，从勃起功能障碍到射精障碍的存在，可以通过心理治疗、药物治疗的方式进行处理。
阴茎不能完全勃起或虽有部分勃起但持续时间过久，甚至发生性交困难。性功能障碍中以勃起功能障碍，早泄最为多见，对勃起功能障碍、早泄等，许多病人绝大部分由心理性因素引起。目前，大多数男性在性生活中都会出现阳痿现象。临床上可采用心理治疗或药物疗法来进行治疗，如心理治疗主要是放松心情、消除紧张情绪，药物则是通过增加性欲而达到目的。可考虑口服药物治疗，药物通常建议使用西地拉菲，法地拉菲和他达拉非。另外还要注意避免使用其他影响射精功能的药物。此类药物为选择型的五型磷酸二酯酶抑制剂，此类药物能迅速提高男性患者阴茎勃起，还能使阴茎保持插入阴道，完成合理性交。
如生理问题，要对症治疗。生理问题方面可药物治疗和手术治疗，男性方面是勃起功能和肾功能下降。对于身体失调方面的和肾功能以及生殖系统方面，可以利用中医进行调理。找就近中医院，进行辩证论。用药是治肾虚为主，五脏调和。食补，强补肾功能，平时也需要注意多食用对强肾有作用的食材，比较黑色食材，黑豆、黑米等。食补加上健康运动是调理整体的方法。
通过验证论治，采用中药汤剂进行调理治疗。第2种，可以用针灸疗法，分为体针，耳针，以及穴位埋线。可以进行手术治疗，如包皮过长，包茎，可以行包皮环切术。对症治疗，如果是由于生殖道炎症引起，可以采用抗炎治疗。
性功能障碍是不是泌尿系统发生病变引起的，只要把这些病变解决了，那么就可以恢复正常的性能力以及生育能力的。尤其是前列腺疾病，要知道前列腺炎是男科的一个顽疾，不仅仅会影响到性功能，还会影响到精子质量，因为前列腺液就是精液的重要组成部分。
